永乐十九年旧历四月的一天深夜，北京城突然风雨大作，夹杂着阵阵惊雷。新修成的奉天、华盖、谨身三大殿因雷击起火，化为灰烬。
朱棣心中顿时升起不祥之感。在科学尚不发达的古代，天人合一这一哲学命题，被强调到绝对的地步。地震、灾害、雷击等等自然现象，都被看成是执政者的失误而带来的。"上天示警"是一个严重的问题。它的严重性在于：第一，只有统治者出了问题，老天爷才会震怒。所谓"天怒人怨"，便是这个道理。第二，统治者并不知道自己的失误在哪里，这就需要有智慧的人站出来为其指点迷津。鉴于此，朱棣立刻下诏求言。也就是说，他希望朝野明智之士为他找出雷击三大殿的原因。
很快，礼部主事萧仪的奏本送到御前。这位六品官员（相当于今天的司局级）认为：三大殿遭受雷击是因为迁都的缘故。把国都从南京迁来北京，不但诸事不便，就连大明的皇脉也撂在江南。这是大不敬的事。
朱棣看过奏本，震怒异常，他认为萧仪把迁都与雷击三大殿联系起来，完全是蓄意诽谤。因此他几乎在第一时间内就作出了决定：命令锦衣卫将萧仪抓进北镇抚司大牢，不作任何审讯，就以"谤君之罪"处以极刑。
事情还没有完，萧仪的观点在官员中仍有不少市场。同情他的官员多半是科道言官。科指六科，道指十三道。六科是对应吏、户、礼、兵、刑、工六部成立的，是稽查六部的监察部门。六科编制是四十人，每科的负责人称为都给事中，正七品。余者都称为给事中，正八品。十三道是对应全国各省，当时全国只有十三个省。十三道御史统归都察院管辖，御史的官阶同给事中差不多。两个衙门类似于今天的监察部和审计署，级别却要低得多。比之于今天，科道言官的级别也仅仅是县处级而已。但科道言官的权力很大，在明代，位居二品的六部尚书遭言官弹劾而受到惩处的不胜枚举。
明代的官场，有两种经历的人升官比较容易。一是在翰林院呆过，二是当过科道言官。由翰林院而入内阁当辅臣，由言官而晋升为封疆大吏或方面重臣。
科道言官，一般都从年轻官员中选拔，这些人初涉仕途，尚不致沾染太多的官场恶习，担任言官敢于弹劾不法权贵，因此历代皇帝对言官颇为倚重。
但这次恰恰相反，对朱棣的迁都持异议的，多半是言官，而部院大臣都是坚定的迁都派。这是因为朱棣从侄儿建文帝手中夺取皇位后，对建文帝时的朝廷大臣作了一次彻底的清洗。经过二十余年的筛选过滤，现在的部院大臣，大部分都是"靖难功臣"，他们也都成为南方士族的仇人，因此利益上与朱棣是一致的。
言官们都很年轻，与朱棣的"靖难"无关，因此他们更多的是就事论事，认为皇上"轻去金陵，有伤国体"。朱棣对这些言官非常恼火，但不能像对待萧仪那样，一概杀之。他于是心血来潮想出一个办法，让这些科道言官与部院大臣一起到午门外跪下对辩。迁都究竟好不好，让双方各抒己见。
当其时，正是"清明时节雨纷纷"的时候，午门外的广场上，言官与大臣分跪两边，个个都淋得落汤鸡似的，但谁也不觉得尴尬，也不觉得侮辱。他们争论得面红耳赤，一天没有结果。朱棣让他们第二天再来午门下跪辩论。雨还在不紧不慢地下着，朱棣在城楼上不愠不火地看着。官员们冒雨下跪，不依不饶地争论着。这场景看起来有点滑稽，然而中国的中世纪的政治，便是在这种滑稽中有条不紊地进行着。
朱元璋于1368年创立大明王朝，虽然定都南京，但似乎从一开始，朱元璋就觉得南京不是很合适。因为它偏安江南，对控制辽阔的北方十分不利。洪武元年，朱元璋下了一个诏书，言道："江左开基，立四海永清之本；中原图治，广一视同仁之心。其以金陵、大梁为南、北京。"大梁即今天的开封。朱元璋出于战略考虑，提出设南、北两个都城。还有一说就是袭汉唐的旧制，将长安（今西安）列为都城。朱元璋觉得自己年事已高，完成不了首都北迁的任务，便将希望寄托在懿文太子身上。谁知懿文太子早夭，定都关中的计划落空。方孝孺的《懿文皇太子挽诗》写道："相宅图方献，还宫疾遽侵......关中诸父老，犹望翠华临。"讲的就是太子曾去西安做迁都前期筹备工作的事。
自秦开始，中国历朝的首都，大都建在北方。宋之前，长安、洛阳、开封都曾做过都城。其中以长安的时间最长。南方如金陵、杭州、扬州等处，亦曾做过都城。奇怪的是，在南方建都的王朝，大都短命。而都于北方者，大都国祚长久。这皆因在漫长的历史中，以农耕文化为主的汉文明，始终受到北方少数民族游牧文化的冲击。在冷兵器时代，汉人的温文尔雅怎抵挡得住"胡人"的铁马金戈。建都北方，主要是为了抵御异族的入侵。
朱元璋灭元之后，却没有将元大都也就是今天的北京直接定为首都，仍然选中金陵营造他的皇城。这大概是因为朱元璋出生淮右，而且骨子里头视"胡元"为异端，因此对元朝的都城从感情上厌恶。但是，从洪武二年起，他就对定都金陵产生了动摇。
朱元璋的迁都念头，虽然从没有打消过，但也从来没有真正实行过。为解决西北和东北的异族入侵，他不是采取迁都北方就近指挥防御的办法，而是改用"封王"制，即把自己的儿子分封到北方各边，担负起剿抚夷狄的任务。关于这件事，郑晓的《今言》有载：
国初都金陵。以西北胡戎之故，列镇分封，似乎过制......今考广宁辽王、大宁宁王、宣府谷王、大同代王、宁夏庆王、甘州肃王，皆得专制率师御虏。而长陵时在北平为燕王，尤英武。稍内则西安秦王、太原晋王，亦时时出兵，与诸藩镇将表里防守。
北方，包括东北和西北，都有虏患。朱元璋于此分封九个儿子，统兵御虏。天下的军权，多半都在自己的儿子们手上，所以，生性谨慎的郑晓也微讽"似乎过制"。这九位亲王，都曾经与虏敌交过手。但真正对稳定北方控制强虏起到决定性作用的，还是时为北平燕王的朱棣朱棣是朱元璋的第四个儿子，在朱元璋的二十六个儿子中，他是最能干的一个。北京之所以成为明朝的首都，清朝继之，中华人民共和国又继之，其发脉者，就是这个朱棣。
朱棣十一岁被封为燕王之后，朱元璋安排他同另外几个未成年的藩王一道回到老家凤阳读了几年书。他二十一岁就藩，所谓就藩，就是前往分封地居住。朱棣到了北平后，经常率兵从这里出发，到东北或西北与"戎虏"作战。多年的沙场生涯，培植了他君临天下的胸襟。他的父亲朱元璋驾崩之后，传位于太孙朱允炆，是为建文帝。这位年轻人斯文儒雅，但缺乏谋略与胆气。俗话说"秀才造反，三年不成"，秀才治国，同样也会弄出纸上谈兵的悲剧。因此，朱棣对侄儿登基后的所作所为，不但嗤之以鼻，而且深为不满。传说朱允炆即位的第一年冬天，朱棣在北平的燕王府邸大宴宾客，其时天寒地冻，朱棣出一上联让人对："天寒地冻，水无一点不成冰。"在座的姚广孝应声而对："国乱民愁，王不出头谁是主。"这好比挠痒痒挠到了正处，一直有夺位之心的朱棣听罢大喜，便暗地里进行着夺位的准备。
不管怎么说，朱棣夺位是为"篡"，情形与唐太宗李世民的"玄武门之变"差不多，但朱棣给自己篡位下的定义是"靖难"。那些跟着他从北平打到南京的将佐，个个都变成了靖难功臣。
朱棣夺位成功，改年号为永乐。在其执政期间，做了几件大事。如派遣太监郑和下西洋，编纂《永乐大典》等，还有一个最大的政绩，便是迁都北京。
北京在唐代之前，一直属于幽州。赵宋政权期间，辽国占据燕云十六州，北京在其内。经宋一朝，北京一直为少数民族的政权所控制。公元938年，也就是辽太宗会同二年，幽州改为南京，亦称燕京。金与宋共同灭辽后，金占据燕京，直到金海陵王贞元元年（1153）定都于此，改名中都。元世祖忽必烈先灭金，后灭宋，建立统一的元朝，分裂了数百余年的国土再度统一。忽必烈再次更名为燕京，到了至元元年（1264）又恢复中都称号。后来于此扩建皇城，改称为元大都。
元朝国祚短暂，不到一百年，但对于北京的建设，却是功不可没。有一个叫刘秉忠的汉人，既当过和尚，也当过道士，还精通《周易》，因此得到忽必烈的信任。1256年，他受命在滦河上游修建开平城。他在建城中显露的才华深得忽必烈赏识。于是在1267年刘秉忠再次被任命为元大都的营缮官，即建城总指挥。1276年，元大都建成。这一年，南宋都城临安（杭州）陷落，赵宋政权灭亡。
据张清常先生考证，刘秉忠并非纯儒，又得蒙古族皇帝信任，所以他敢突破旧制，提出独特的建城方案，当时民间都知道刘太保（秉忠）设计的章法是哪吒城。哪吒是佛教传说中的护法神之一，又称哪吒太子。刘秉忠把元大都设计成长方形。如果从高空俯瞰，会发现元大都形似三头六臂双足蹬着风火轮的哪吒形象。
洪武元年（1368）闰七月，元顺帝弃元大都逃走。八月徐达攻入城中，改大都为北平府。永乐元年（1403），朱棣改北平府为北京。
朱棣迁都北京，有两个原因。一个就是前面提到的，北方虏患不绝，建都在北京，便于就近制御。当然，西安、开封都可选择，但朱棣在北京住了二十多年，对这里有感情。而且，到了明朝，西北的少数民族如匈奴、回纥等都已式微，而东北地区的契丹、女真、鞑靼都仍存在着骚扰中原的能力，对付东北的"虏患"，北京显然比西安更具有地理优势；第二，由于"靖难"之役，朱棣在南京杀人太多。建文帝的支持者，多半是江南士族，朱棣对他们大开杀戒，因此结怨于江南。再继续呆在南京做皇帝，已经失去执政基础。因此他从取得皇位的那一天起，就有了迁都的打算。
迁都并不是一件简单的事情，一是北京经过元末的战火，毁坏严重，重建皇城，并非朝夕之事；二是初登皇位，立刻提出迁都，会让人误会他"胆怯"，而不敢在南京皇宫内号令天下；第三是出于经济上的考虑，北京定为首都，所需钱粮，还得仰仗江南，以当时的运输条件，这也是个不易克服的困难。
不过，朱棣委实不喜欢南京，从永乐七年开始，他让太子留在南京监国，自己时时跑住下来。当时的情况是南京仍作为首都，而北京则成为行在。实际上，早在永乐四年，朱棣就开始了北京的建都工作。
据传，明北京城及皇宫的设计者是姚广孝。这个姚广孝同元朝的刘秉忠一样，也是和尚出身。所不同的是，姚广孝到死也没有还俗。
姚广孝在元大都的基础上，扩建和改建北京城。他没有保持"哪吒城"，而是按儒家的观点，把北京建成一座方城。而皇城（紫禁城）则在方城的正中央。
北京城的建设，整整进行了十五年。这期间，为配合迁都，朱棣做了两件事，一是从江南各地向北京大量移民；二是疏浚运河，打通南北的运输干线。据记载，洪武三十年，通过海运由南输往北方的粮赋只有七万石，永乐六年，就增至六十五万石。永乐十二年，由运河输往北京的粮赋增至五十万石，另还有四十万石由海运输入。到了十六年，由运河输往北京的粮赋就已高达四百六十万石。
当北京的财赋供给与人口都不成问题时，朱棣就发出迁都的诏令。北京不再是"行在"而变成了首都，南京则变成了留都。
迁都的正式实施是在永乐十九年（1421）正月。此前，朱棣封赏所有参与都城兴建的人员，其中有一个苏州匠人蒯祥，封为工部侍郎。如果说姚广孝是明北京城的总设计师，这个蒯祥就是总工程师了，所以功劳很大。
迁都最初的几年，围绕该不该迁都的问题，一直争论不断。朱棣为了压制反对派意见，杀过几个人，包括前面提到的萧仪。
自从萧仪死后，朱棣再没有为迁都的事杀过人了。这是因为那一次雨中跪辩，所有的部院大臣与科道言官都看清了朱棣的决心：迁都不容置疑，哪怕老天爷震怒，再雷劈十座奉天殿，朱棣也决不会把金銮殿搬回到南京去。
永乐二十二年七月，朱棣死。他的儿子仁宗继位。次年改元洪熙。仁宗同他的爷爷朱元璋一样，喜欢南京，登基之后，他决定把首都再搬回南京。但刚有这个想法，他就死了，在位还不到一年。仁宗的儿子宣宗继位，他是朱棣生前最喜欢的皇太孙。宣宗同朱棣一样喜欢北京，于是更改父皇的旨意，作出了暂不迁都的决定。这个"暂"字是为了给父皇一个面子，其实宣宗压根儿就不想迁都。
所以说，某一个地方的兴衰，的确与政治家的决策有很大的关系。如内蒙古的呼和浩特市，该城是张居正执政期间，为开放边境贸易而倡议修建的"板升"城；再说今天的深圳市，如果不是邓小平倡导的改革，恐怕至今还是保安县的一个小渔村。北京城的运气非常好，一是碰到了忽必烈和朱棣这样两个皇帝，对它情有独钟；二是负责修城的刘秉忠与姚广孝，都是非常有见地的设计师，没有他们，北京城不可能有令世界瞩目的帝京气象。当然，仁宗的短命也是北京城作为首都得以存在的重要原因之一。如果他再活十年，北京城会是怎样的命运，就很难说了。
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