今日北京的中药铺中，以西鹤年堂开设为最早，始于明朝，但西鹤年堂曾多次更变铺主。而开设时间稍迟的同仁堂却一姓相传，信用昭著，至今仍享盛名。
同仁堂药铺的铺主姓乐，乐家祖籍浙江宁波，明代始迁居北京。乐家几代都是“郎中”，以行医卖药为业。乐尊育是乐家的第四代，他是位能干的人，曾在清朝太医院中当差，执掌出纳文书。由于他“秉性朴诚，居躬简约”，因此，乐家从他开始发迹。这时乐尊育便想仿效官宦和书香之家，为乐家定了个堂名。由于他认为“同仁”二字“公而雅”，于是便取“同仁”二字。从此“同仁堂”乐家就渐渐地叫开了。至于乐家何时开设同仁堂一事，其确凿的记载有二，一是乐家五世人乐梧冈在《同仁堂药目》的序言中说：“先君之训，几忘之矣。壬午乡比后，闲居无事，追忆昔年遗训，翻然勃然鼓舞而为之，遂立同仁药室焉。”另一是乐家十世人乐印川之孙在其重订药目记中说：“五世伯祖梧冈公守遗训，于康熙壬午岁在京都正阳门外大栅栏南设立本堂字号。”这康熙壬午岁乃是1702年。因此，同仁堂药铺从设立到今天，已有289年的历史了。
同仁堂盛名所以能长久不衰，原因是多方面的。首先是昔日它与清代宫廷和官府建立了一种特殊的关系。早在雍正时，同仁堂就正式成为向宫廷提供生药的店铺了。后来同仁堂还得到了派人进宫指导御药房制做成药的待遇。晚清时节，慈禧索性下诏，让同仁堂直接为宫廷制药，就连自己服用的牛黄清心丸和乌鸡白凤丸都是由同仁堂制做的。
既然同仁堂获得了为宫廷制药的权利，因此它无论在经费上还是在采购药材上，都会得到特殊的优惠待遇。从经费上看，宫廷能最大限度地满足同仁堂的经费需求，有时一次拨给同仁堂的经费，就够它用上几年之久。只要同仁堂感到经费不足，即可向宫廷上奏，宫廷见奏后，便会马上拨下银两。因此同仁堂在制药的经费上决不会存有什么顾忌。此外，同仁堂还可通过太医院上奏折于皇上，然后皇上再下诏，要求各州衙府县，将当地上好药材作为土贡送至京师来，以便满足同仁堂为宫廷制药之需。同时，同仁堂往往还打着朝廷的旗号，四处优先收购上品药材。致使别的店铺无法与其竞争。同仁堂还常常依仗官府势力保持铺号的名声，如咸丰、同治时期，顺天府的告示里，就有禁止冒用同仁堂字号，开设店铺或销售医药的明文。据说同治时，有人以“同人堂”之名开了个药铺，结果遭到了官府的查封，铺主还示众游街3日。
乐家利用同仁堂与宫廷的关系，曾在咸丰年间买了个官衔，即十世乐印川先捐得四品候补道。进而又捐得从二品典封，受赏顶戴花翎。来往于官宦之间很是打腰（吃得开）。为了确保同仁堂的地位，每当京城会试期间，同仁堂都要以馈赠平安药为名，表示对朝廷科举招贤的支持，同时也以此来笼络举子，好为同仁堂四处传名。据说同治皇帝的老师李鸿藻，考取进士之时，就曾得到过同仁堂赠送的羚翘解毒、牛黄清心和万应锭等四季应时之药。也就是因为如此，所以朝廷所属的各个院部衙门都和同仁堂保持着一定的关系，不少中央衙门的官吏都是同仁堂的老主顾。直至民国年间，京城内的不少王府还在同仁堂留存记帐折子，同仁堂长年供应府中用药。
同仁堂之所以能享誉长久，还与它的药品质量有着密切的关系。60年代曾发现过一批保存了几十年甚至百多年同仁堂制作的中成药，这些药香气浓郁，润而不干，仿佛是近期制做的一般。从这件事实上，则不难看出同仁堂的药品质量了。
说到同仁堂的制药，的确可以有很多的东西要说。先从配方说起，同仁堂制做丸、散、膏、丹、药酒之方，都是经过名医审定和实践后才确定下来的。其中许许多多的药方来自宫廷，如至今仍享有很高声誉的参茸卫生丸、安坤赞玉丸、安宫牛黄丸、乌鸡白凤丸、虎骨酒等均属宫廷秘方。同仁堂的制药配方除来自宫廷外，还特别注重收集古方和民间草方。凡古方之适用者，无不悉心考究。“遇有奇方，立即修治”，就是同仁堂一向遵循的祖训。
所谓考究，可从两方面谈，一是从选料上看，同仁堂一向是依据我国古代医学经典的记述和前人的临床实践，来采购中药。中药的品种繁多，据李时珍《本草纲目》的记载，中药已有1892种之多，后来又经人发现补充，大致当有3000种左右。由于药材的产地和采集的时期，对于疗效有着密切的关系，比如产于四川与产于浙江的贝母，疗效不同。产于四川的贝母称川贝，主治虚劳咳嗽吐血；而产于浙江的称象贝，主治外感咳嗽。羌活与独活，草红花与藏红花，亦不相同。因而中药有很多名字是根据产地而起的，如党参因产于上党而得名，川芎因产于四川而得名。此外，还有什么广木香，秦当归、杭菊花、云茯苓、建泽泻等等。
同仁堂每年为了采集“地道药材”，都要派专人去以下几个地方。一是祁州，即后来的河北省安国县，此地，是全国最大的药市，不少外地药材多集中于此。在这里，同仁堂可以采购到产于各地的药材：青海的大黄，陕西的当归，四川的川芎、黄连、麝香、厚朴、枳壳，杭州的白芍，河南的山药、生地、内蒙的黄芪，山西的党参，绥远的甘草，广东的冰片、陈皮，山东的牛黄，广西的肉桂，云南的茯苓等。
采购的第二个地点是营口，那里是人参、鹿茸的聚集地，其中吉林参和黄毛茸乃是上品，吉林参佳者，每两即可值上百元；黄毛茸每架可值三四千元，同仁堂一向不惜高价购买上品参茸。
上海为南方一大药材集中地，同仁堂每年都要用二三万元从这里采购杭州的青冬、元参、白术和浙江的贝母。
在采购药材的过程中，同仁堂不仅注重产地，同时还要分辨药材是否是按时令而收取的，如一般说来，植物药的根部，应在初春或深秋时采集，此时药力较足，如丹皮、地榆、■(上艹下舌)蒌根等；茎、叶部分，应在生长茂盛时采取，如大青叶，茵陈蒿等；花类，通常应在含苞待放或初放时摘取，如菊花、金银花；果实也要根据所需在初熟、未老熟或老熟时摘取。至于某些动物药的采集，也要有一定的时期。比方说，购买驴皮时，一定要鉴别一下驴皮是否为冬天所采，鹿茸是否在清明后所采。凡此种种，同仁堂派往各处采购药材的人对此非常重视，一定将按时令采集上市的好药材买回，对于不按时令采集的劣等药材，尽管市场价格便宜，也绝不购买。
采购药材是选料的主要内容，除此以外，在制造成药时，还需要一些附加料，比如蜂蜜，高粱酒、黄酒、白蜡之类，同仁堂也非常重视对这些附加料的选择。
除了在选料上下功夫外，同仁堂在制做成药过程中，还严格按照古法炮制的原则办事。“炮制虽繁，必不敢省人；品味虽贵，必不敢减物力”这是乐家后代所遵循的祖训。同仁堂的成药以丸、散、膏、丹及药酒著称于世，在制炼这些药的过程中，它都能做到一丝不苟。
比如同仁堂在炼制丸药时，首先是将药材切细晾干，然后捣成粉末，其中如果是湿润药如天门冬、地黄等宜光晾干，捣碎、再晾、再捣成粉末。如遇阴而潮湿天气，还得用微火烘干。若制蜜丸，就将所需药料粉末充分拌匀，放入盆内，然后倒入蜂蜜，这蜂蜜要先加热，待沸腾后，把上面的沫撇去，等到蜜的颜色是微黄色即可熄火，这样经过炼制的蜜方可入药。蜜与药粉合在一起后，就要用枣木棒搅合，然后取出，放在桌上，用手再细心搓捏，使之更加均匀，摘成小块，搓成长条，根据需要制成大小不同的丸药。最后用蜡封好，烫上金印。经过这种工序制成的同仁堂丸药，能够长久保存不变质亦不干硬。
又如同仁堂在制药酒时，采用两种方法。一是冷浸，即将药料浸于酒内，经过相当时间，去掉渣滓而用其酒治病；另一是热浸，是将药料浸酒中，放在瓦罐里，隔水加热，达到酒沸腾为止，然后连渣带酒倒入缸内，趁热密封，静置数日，去掉渣滓澄清，即可饮用。有的药酒需要在缸内贮上较长的时间，如同仁堂的虎骨酒要在缸内贮上两年，因为贮存的时间越长，药力发挥得越好。同仁堂不惜增加设备，亦不惜积压成本，决不提前将药酒售出，以防药力不能很好发挥。至于在使用犀角、牛黄、麝香、珍珠等贵重药物时，同仁堂也毫不吝惜，一定保证按质按量地放入，决不含糊。正因为同仁堂的成药货真，质量上乘，因此才能驰名中外，博得各界人士的信任和赞誉。如清末民初京城内不少京剧演员，终年服用同仁堂的清音丸，致使嗓子得到了保护，住在前门外五斗斋胡同的四大名医之一王逢春，是位虔诚的佛教徒，王逢春的一位亲戚曾得了口眼歪斜的中风病，就曾拿过王大夫的免费药方到同仁堂取吃过它制的大活络丹，最终得到了痊愈。
同仁堂有其自身的一套经营管理制度，这也是它能长期兴盛不衰的一个原因。鸦片战争后，乐家的第十代人乐印川，凭借着自己的能力，不仅挽救同仁堂于危难之中，而且还奠定了同仁堂稳固的基础。自此，同仁堂便确定了“自东自掌”的经营管理制度。从称药到配药，一切不假手外人，家中妇女无论是女儿还是儿孙媳妇都要在铺中劳动。
为了扩大影响，同仁堂还利用种种机会进行宣传。例如清朝时，每当阴历二月就要开沟一次，同仁堂便制造写有同仁堂字样的大红灯笼，夜晚放在开沟的地方，以防行人掉进沟内。同时，每当阴历四月二十八“药王生日”时，它便摆宴席，请社会名流观看京剧。同仁堂内的伙计与乐家可以说非亲即故，为了鼓励他们多为同仁堂出力，采取提成薪给制，即谁卖的多，谁的提成就大。据说当时凡是买大宗药的人，往往是将所要买的药开在一张纸上，往柜台一递，伙计们便纷纷伸手，争着为大主顾拿药，以便获得大的提成。至于买两个铜子的一帖膏药的人，往往要等上多时。于是有心人见此情景，便仿照大主顾的样子，将要买的一帖膏药也写在一张纸上往上递，这样，就会节省不少时间。
八国联军入侵北京时，由于大栅栏地方的一场大火，同仁堂的铺面被大火烧去一部分，乐家保存的珍贵医书也被火吞噬了，加之侵略军的骚扰，致使同仁堂损失惨重。事后，由于乐印川妻子的努力，方使同仁堂得以恢复。
1907年，乐印川妻子病故，同仁堂由乐印川的四个儿子共管（称四大房共管）。由于兄弟和妯娌间的不信任，所以各设分号于全国各地。据说由同仁堂派生的乐家药铺达30多个。什么宏济堂、乐仁堂、宏仁堂、永仁堂、沛仁堂、济仁堂、达仁堂等等。其中以民国初年在天津开设的达仁堂最为出名。达仁堂的主人乐达仁是同仁堂最后一代店东乐松生先生的伯父。他精明能干，曾去西方留学，因此，在他经营下的达仁堂能够吸收一些先进的方法，提高生产效率。如在制药上采用机器动力带动石磨。
1931年以后，在乐松生父亲乐达义的主持下，同仁堂真正实行了四大房共管制度。这时北京虽因“国府南迁”市面出现了萧条景象，但同仁堂仍为北京中药行的魁首。抗战中，同仁堂遭日军的染指，乐家花了大宗的应酬费，才化险为夷。
抗战胜利后不久，乐达义病逝。同仁堂由乐松生主持。由于内战激烈，金融不稳，同仁堂连连亏损，解放前夕，它和其他中国民族资本企业一样，已经到了山穷水尽的地步。
乐家老铺同仁堂 | 
