御药房是古代为帝王、宫妃等皇亲调制药品和取药而设置的机构。
清廷御药房成立于清顺治年间，并有内药房和外药房之分。内药房仅供皇帝、宫妃、贵人等所需用药；外药房则是各宫太监及首领患病时取药的地方。后来因宫廷机构庞大，人员日增，仅内药房难以满足其需要，故在内药房下又分设寿康宫内药房、储秀宫内药房和圆明园药房等。
御药房负责宫廷所需药物的储存，药剂的调配，它与“太医院相表里”。凡宫中传太医院御医入大内（皇宫）为皇帝请脉，都得由御药房专职太监带领，太医诊脉处方后，如皇帝同意服用，太医须与内臣（太监）一道赴内药房合药，还须将药方连名封记，随之开列本方的治法和药性，御医与太监在月日之下署名，进呈皇帝御览，奏本既具，即行登记入册，由内臣收掌，以备稽考。皇帝服药更有诸多禁忌：煎烹御药，太医与内臣常要一道监视，待药煎好后，须分别倒入两杯中，依古有“君有疾饮药臣先尝之”的规矩，一杯先由主治御医先尝，后由院判（太医院医官）、煎药太监依次饮尝。另一杯则进呈皇帝服用。因性命关天，为皇上配方煎药，总是由深得皇帝信任的太监充任。如果发现所开药品不清和药味分量虽开面遗漏舛误，或御药房配制不依原方等，都将以“大不敬”论罪。
御药房药品需数量很大，也十分讲求质量。其药材（包括成药）大致有下列几个来源：1、向各省出产药材地征收。清宫档案太医院《条款清单》曾记载：“如药材内有京中不易购办之物，应奏明管理事物大臣，查系何省所产，即行文该省购办，运京备用。”这是御药房药品的重要来源。2、由各省督、抚大臣据其所辖地的特有地道药材，不时向宫中进献，谓之“土贡”。如云南之茯苓、广东之标红、四川之冬虫夏草等等。3、外国馈赠或进口。如金鸡纳及南洋的豆蔻、砂仁、丁香等，这些多为外国特产药材。4、京城同仁堂采办。同仁堂成立于清康熙年间，历来以成药膏丹丸散和药材品质优良而著称，也颇受皇家重视和信任。从雍正皇帝起，大内要求同仁堂每三个月进货一次，不得有误。同仁堂每次都圆满完成任务，成为御药房的得力助手。特别是同治以后，同仁堂几乎垄断了皇家的药材采办业务，不少成药也“特批”由同仁堂专门御制，随时供俸所需，这种现象一直延续到光绪末年。因而同仁堂成为蜚声遐迩的御前“当差”药房。
御药房为皇帝及皇亲贵族的专用药房，因其责任重大，向为宫廷禁地，防范森严，外人不敢擅自私入，对外采办的药材（品）及各省进贡药物都将受到十分严格的检验，常要经太医院的院使、院判等带领熟谙药品之吏详加确认，方可入御药房储存以备使用。
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