清朝是满族贵族建立的王朝，奠基人太祖努尔哈赤最早建都于赫图拉城（今辽宁新宾），后金天命十年（1625）迁都沈阳。崇德元年（1636），努尔哈赤的儿子皇太极改国号为清。崇德八年（1643）皇太极死，六岁儿子福临即位，改年号为顺治。顺治元年（1644）四月山海关大战之后，辅佐福临的睿亲王多尔衮率清军尾追农民军，于五月二日进占北京。十月一日，清顺治帝登临皇极门（今太和门），颁诏天下，定都北京。
清代京师的建置沿袭明代。朝廷中央部署设在皇廷广场两侧。为加强边远地区的统辖，设理藩院（在今南河沿南口路东），以掌管蒙古、西藏和新疆等地的民族与宗教事务。雍正七年（1729），由于对西北用兵，在皇宫隆宗门东建立辅佐皇帝处理军务的军需房，后改称军机处，成为直接秉承皇帝意旨执掌朝政的中枢机构。
清朝在北京实行旗、民分城居住的制度。清朝的八旗，有正黄、正白、正红、正蓝和镶黄、镶白、镶红、镶蓝八种不同的颜色。分为满洲八旗和汉军八旗。八旗官兵及其家属进驻北京以后，清廷下令圈占内城的房舍给旗人居住。原在内城居住的汉民、回民等一律搬到外城居住。内城以皇城为中心，由八旗分立四隅八方。两黄旗居北：镶黄旗驻安定门内，正黄旗驻德胜门内；两白旗居东：镶白旗驻朝阳门内，正白旗驻东直门内；两红旗居西：镶红旗驻阜成门内，正红旗驻西直门内；两黄旗居南：镶蓝旗驻宣武门内，正蓝旗驻崇文门内。各旗都在所驻城门外设教场、演武厅，以熟练骑射，操演技勇。顺治二年（1645）五月，重建皇极殿、中极殿、建极殿，依次改名为太和殿、中和殿、保和殿。顺治八年（1651）九月十八日，重建承天门竣工，改承天门为天安门。
清代在北京兴建了一批塔啊、寺。满族人信奉萨满教，建造堂子，立杆祭天天。定都北京后，便在御河桥东路南建堂子。蒙古等族信奉喇嘛教，雍正登极后将原住过的雍亲王府赐名雍和宫。乾隆九年（1744）又将雍和宫改为北京最大的喇嘛庙。城池宫殿，除去重修和增建了故宫内的一些大殿，以及营建“三海”（南海、中海、北海）皇家园林外，还开发西郊园林，如畅春园、圆明园、绮春园以及在瓮山（今万寿山）、玉泉山和香山所修建的清漪园、静明园，还有淑春园、鸣鹤园、郎润园和蔚秀园等。其中最突出的是颐和园和圆明园。 清代从康熙中叶至乾隆年间，农业生产逐渐从恢复走向发展，随之工商业也发展起来，北京成为全国的贸易中心。各少数民族地区的商品，如关东的貂皮、人参，西藏的红花、藏香，新疆的毡毯，蒙古的皮裘，以及云、贵等地的贵重药材，都出现在这里的市场上。北京（还有国内其他地方）则以瓷器、陶器、铁器、绸缎、布匹、烟、酒、茶、粮等重要商品，与少数民族地区进行交易。北京的大商铺还供应蒙古、西藏等地需要的喇嘛念经用品和某些特别的手工艺品。清朝政府在城内御河两岸设立“里馆”，专门接待蒙古来京的客商，以加强与蒙古地区的商业联系。
清代将明北京的官营手工业改隶于内务府和工部等官署。内务府在京所设有内织染局、广场司七作（包括银作、铜作、染作、衣作、绣作、花作、皮作），营造司三作（包括铁作、漆作、炮作），工部在京所设有五大厂、五小厂和外三厂。它们的规模不及明代，但民间手工业在康熙后有了明显的发展，如铸铜、刀剪、制药、酿酒、香蜡、糖果、地毯、宫灯、雕漆、景泰蓝等技术更为精湛。
清代北京经济发展的一个特点是“前三门”（崇文门、前门、宣武门），尤其是前门外一带特别繁荣。崇文门设有税关，门内往西有会同四译馆。正阳门东三里河经大通河至张家湾，由大运河运来的南方货物在这里集散。宣武门外有许多会馆。当时士子常出入宣武门，商人多出入崇文门，官员上下朝多进出正阳门。正阳门外大街一带，店铺林立，商众云集，摩肩接踵，喧嚣交易，是清代北京最繁华的闹市区。六必居、同仁堂、都一处、合香楼等著名店铺林立，牌匾相望。珠宝店、绸布店、粮食店、杂货店林林总总，盛极一时。在前三门商业区中，还出现了以经营经史子集、文房四宝、碑帖字画和印玺古玩为特色的琉璃厂文化街。每年新春，厂甸有集市，书店和其他商贩都在此设摊，成为北京的岁时盛事。
在教育方面，全国最高学府国子监，既有汉、满、蒙古等族儒生，也有日本、越南、朝鲜、琉球、俄罗斯的学生。此外，还有为宗室子弟所设的宗学，为觉罗子弟所设的觉罗学，为八旗子弟所设的八旗学，以及为汉族等子弟所设的顺天府学、宛平县学、大兴县学和金台书院等。清代各地举人大体上每三年到北京参加一次会试。清代共举行会试114科，有26846人在京成为进士。同治元年（1862）设京师同文馆，有英文馆、法文馆、德文馆、俄文馆和日文馆，后增设算术馆，研修外国语文和自然科学。光绪二年（1876）建立了京师博物馆。光绪二十四年（1898）建京师大学堂，是中国近代最早的大学。光绪二十八年（1902），京师大学堂设师范馆。清代西方教会还在北京兴办了育英，崇实、汇文、贝满等中学。宣统元年（1909）建立京师图书馆。中国的新闻事业始于清代，北京出版的早期报纸有《官局书报》、《顺天日报》、《启蒙画报》、《京论日报》、《北京女报》等。 清时，京师是学者文人荟集之地，有许多官修的或个人的重大著作完成于北京。至今仍为人们常常查检的万卷类书《古今图书集成》，开始编纂于康熙年间，雍正时以铜印字排印出版。收集中国经史子集达3500多种的著名的《四库全书》，自乾隆三十七年（1772）开馆编修，历10年完成，共有79339卷。在文学方面，曹雪芹晚年困居北京西山，写成《红楼梦》；北京小说家李汝珍写成长篇小说《镜花缘》，这些都是清代出自北京的传世名作。清乾隆年间，经济、文化高度发展，为戏曲的繁荣创造了条件。乾隆五十五年（1790），为庆祝乾隆帝80寿辰，四大徽班入京献艺，后即在北京演出，盛极一时。在徽调的基础上，吸收楚调、汉剧、昆腔、弋阳腔、秦腔的特点，逐渐形成了京剧。
清朝的国势在康、雍、乾期间达到盛世，成为当时亚洲最强大的国家。随后，因清皇族的奢侈糜费、统治集团内部的倾轧等多种原因，很快衰败下来。1840年鸦片战争之后，各帝国主义列强陆续入侵，中国一步一步沦为半封建半殖民地社会。光绪二十四年（1898），光绪帝采纳康有为、梁启超等人主张，施行维新变法，但遭到慈禧太后为首的顽固派的反对，仅103天即遭失败，史称百日维新。1911年（宣统三年）10月10日，辛亥革命爆发，推翻了清王朝，结束了北京作为封建王朝帝都的历史。 | 
