历代太医机构在不同的历史时期，名称也各不相同。南北朝及隋唐时代称为太医署，宋代称为太医局，金、元、明、清则称之为太医院。
清代太医院大体承袭了明代太医院的旧制，是隶属于礼部的独立机构。一般由一名王公大臣领衔管理太医院院事，下设院使（相当于院长，一般为正五品）一人、左右院判（相当于副院长，一般为正六品）各一人、御医十三人（正八品）、吏目（八品或九品）二十六人、医士（从九品）二十人、医生三十人，另有制药人员若干。人员的定制是根据太医院工作量的大小和宫廷中的需求随时有所增减的。太医之建制虽不满百人，但人才荟萃，能在太医院为最高统制者服务，绝非医术平庸者所能胜任。
清代统治者为了保证太医院的医疗水平，制定出了相当严格的录取制度。在太医院内设立教习厅（医学校），从御医、吏目中选拔“品学兼优”的任教。学生来源于民间医生和太医院医官的子弟。这些学生必须“品行端谨、通晓医理”，并由院内医官做保，方能入院在教习厅习业。在教习厅习业期间随时由院使、院判进行考核，择其优秀者升任医生或医士。对于已经任医士、医生者，也同样随时予以审核，若发现“习业荒疏”，不论在太医院供职多久，一律发回教习厅重新学习。教习厅所学习的科目为：《黄帝内经》、《难经》、《伤寒论》、《脉诀》、《本草纲目》及临床各科。
太医院为了充实力量、提高医疗水平，还经常从各省选拔、保举一些具有真才实学的民间医生。这些民间医生由各省巡抚举荐，到北京太医院进行考试，合格者根据学识授以吏目、医士等职。如果民间医生，确属医学造诣高深，虽年事较高，太医院为了发挥其特长，也可以准其带弟子一名进太医院供职。
太医院的专业分科，在清初分为十一个专业，以后合并为九科，即为大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼科、咽喉、正骨科。凡是在太医院供职者，自院使到医士都要根据自己的专业特长“给事内廷”。
俗话说：“伴君如伴虎”，更何况是给皇帝看病呢。为皇帝看病是一件风险很大的差事。清廷制度，凡是皇帝服用的药剂，先由御医拟方上报，然后把同样的两剂同煎，分装在两碗中，一碗由御医或宦官先尝，一碗由太监送皇帝服用。为皇帝、皇后看病，往往是几个御医同时诊治，各拟一方，然后经协商后再拟一方为准。如光绪八年十一月二十六日由御医庄守和、李德昌、王应瑞等人同为慈禧太后拟“保元益寿丹”一方。有时为一个病竟有六、七位御医同时会诊、商讨治疗方案。
医生一但入职太医院，就将是为少数贵族所专用，既使是年老体弱，虽然可以告病还家，也不能在外行医。为老百姓治病，若被人告发，就会严加议处。
清代太医院院址，在现今东交民巷西口路北。它是一座具有四进的大院落，内设大堂、二堂、首领厅、教习厅及祭祀先医的大殿，供太医办公、学习、祭祀等。八国联军入侵北京以后，太医院被俄国人占有，建立使馆，迫使太医院几经迁移，最后定址在地安门东皇城根兵杖局东侧。 | 
