戊戌政变后光绪帝被囚于瀛台，珍妃因支持变法也被打入冷宫。关于囚禁珍妃的冷宫在何处，历来众说纷纭，莫衷一是，至今仍是一大疑案。现根据所掌握史料剖析如下。
《崇陵传信录》、《清代轶闻》等书说：“囚景运门外之三所。”或说“在皇宫东南角的一个院子里。”查景运门外东南有一处南三所，在皇极门之南，三大殿之东，地处外朝。按祖制，囚禁妃嫔只能在内宫，不可能在外朝，而且此处离珍妃井甚远，故此说不可信。
也有人说囚于西三所，西三所位于后宫西路，紧靠慈宁宫和大佛堂后墙，东邻养心殿，位置显要，又近慈禧太后经常去礼佛诵经的佛堂，距珍妃井更远，故不可能作为囚禁珍妃的牢房。
有人所说的西三所，实际上是指原乾西五所中的第三所，即所谓“西二长街百子门内牢院”。西六宫北面原来有并排的五座宫殿，叫做乾西五所，原是皇子皇孙的住处。乾隆当皇子时曾住在乾西五所中的第二所，他即位后便把它升格改建为重华宫，把第三所改建为厨房，第四、第五所拆建为建福宫西花园，后又将第一所改建为观剧的漱芳斋。因此乾隆以后乾西五所已不存在，清末更不会有什么乾西五所或西三所的名称。百子门内的原乾西第三所，既已改建为厨房，又紧连乾隆龙潜兴新之所的重华宫和慈禧经常去看戏的漱芳斋，怎能作为监牢？
《清官述闻》等书根据刘姓老宫女所说，认为珍妃幽禁于建福宫。查建福宫是皇宫西北部的重要宫殿，宫中供着孝德和孝贞显皇后的圣容(画像)，帝后妃嫔等每逢过年过节或庆典及该后生辰、忌日都要到建福宫烧香行礼，这样的神灵重地更不可能辟为牢房。再说建福宫一带保存着乾隆时代的字画古籍，珍宝装满各殿堂，库房重地岂有设牢房之理？刘宫女当早已出宫，她怎知珍妃囚于何处？
还有不少人说珍妃囚于北三所，如金水河在《旅游》杂志发表《冷宫在何处》的文章，说她关在“景祺阁北的北三所，在珍妃井旁西边的山门里。”《清宫怨》说关在北三所的寿药房，有的说“在钟粹宫后的北三所。他们的措词虽不同，但都是指东六宫北面的乾东五所之第三所。乾东五所与原乾西五所在御花园的东西两侧，形成对称，现在故宫地图把它叫做北五所。也是并排的五座宫殿，原来也是皇子皇孙所住，光绪年间已全部改作他用，第一所是古董房，第二所是保管皇帝冠袍带履的四执库，第三所是管理太监的机构敬事房，第四所是寿药房，第五所是画师作画的如意馆。直至清亡，各所的用途未曾改变，根本没有空房可作牢房，第三所是敬事房办公重地，寿药房存放大量贵重药材和医药器具，更不可能作冷宫。
现在有较多的人认为她囚于景祺阁后的西小院，位于后宫东路宁寿全宫的最北侧，现在珍宝馆的北面，它的西边就是珍妃井。笔者认为这个说法是正确的。第一，这个小院紧靠后宫东北侧宫墙，地方偏僻，人迹罕至，又是一个独立的小院，便于看管，适合作冷宫；第二，这个小院原是宫女住房，并无重要用场，便于改作冷宫；第三，珍妃投井不会舍近求远，其住所必定在被害地点附近。此小院即在珍妃井东邻，近在咫尺；第四，亲身闻见珍妃被害的旧宫监唐冠卿等证实，珍妃是从景祺阁后被慈禧派人叫出，并命崔玉贵将她投入珍妃井的。可见冷宫确实在景祺阁后的西小院。 | 
