万历四十八年（1620年）神宗病故，太子朱常洛嗣位，庙号光宗，年号泰昌。光宗只当了二十九天的皇帝，死于春药。这就是明末三大案中的“红丸案”。由皇长子朱由校即位，庙号熹宗，年号天启。
天启在位时期，魏忠贤当政，阉党肆虐京城，厂卫横行畿里。纵观明朝二百六十年的统治，其特点是特务政治和阉党专政，而且二者是有其一必有其二。因为皇帝以一人治天下，以天下奉一人，是名符其实的孤家寡人。太监（又称为宦官、阉人）是皇帝的家奴。中国历史上汉、唐、明三大统一王朝均有宦官之祸。由此可见，宦官之祸和高度集中的皇权有一定的内在联系。皇帝有绝对的权威，其家奴也就可以随心所欲，祸乱政局。由于宦官“六根不全”，在封建社会里绝没有当皇上的资格。宦官尽管专权乱政，可是中国历史上从未发生过宦官当皇上的事件。从这点上来说，皇帝对太监最为放心。对有资格当上皇上的人（全国臣民）都不放心，都要利用特务来进行监视，而且让太监来主管特务机关。
明朝最早的特务人员是检校，其职责是察听大小衙门官吏的不法之事。用朱元璋自己的话来说∶“有这么几个人，譬如养了恶犬，则人家害怕”。检校只管察听、告密，无权扣押、审判和处罚犯人。
洪武十五年（1382年），朱元璋成立了锦衣卫。这是一个有侦察、逮捕、审讯、处罚权力的完整特务机构。
朱元璋严禁太监干政，朱棣在靖难之役中得到太监的帮助，认为绝欲、绝后之人，最有忠心，开始重用太监。所以永乐十八年（1420年）在北京东安门外设立了“东厂”，由亲信太监掌管，皇帝直接指挥，专门“缉访谋逆，妖言、大奸等”。于是人们把锦衣卫和东厂简称为厂卫。成化十三年，宪宗又增设了一个由太监主管的特务机构叫西厂，其权势超出了东厂和锦衣卫。武宗正德年间，宦官刘瑾当政，不仅恢复了一度撤消了的西厂，又增设内行厂，由自己亲自指挥。西厂、内行厂后被撤消。但锦衣卫和东厂这两个特务机关一直保留了下来。
京城之内，近畿之地，是厂卫肆虐的重灾户。东厂有千余番子（密探）布满大街小巷，“京师游手（流氓无赖）”也为虎作伥，向东厂告密，领取“买赶数”或“买事件”钱。为了达到诈取钱财的目的，番子经常指使“京师游手”进行诬告，受诬者为了活命，只得倾家荡产。锦衣卫的旗校达万人之多，或骑高头大马招摇过市，老百姓见了后奔走逃避；或微服私访，动辄把民间戏语定为“妖言”，京城官民动辄得咎，家破人亡。
有四个人在内室饮酒，一人酒醉，大骂魏忠贤，在旁边的三人劝他小声一点，别让东厂的番子听到。骂者说；“东厂的番子又怎样？还能剥我的皮？”话音未落，突然闯进一伙东厂番役，把四人一齐抓走，骂魏忠贤的人，被活活剥皮。
京城中各衙门都有东厂的番子监视。三法司会审大案和锦衣卫属下的北镇抚司拷讯重犯时，必须有番子在旁监审，名为“听记”。故各衙门发生了什么事，某官员干了什么勾当，哪个城门抓到了“奸细”，东厂均能全盘掌握，并及时向皇帝报告。北京城中形成了可怕的宦官当政和特务统治。
白莲教，又称“白莲社”，是混合佛教、明教、弥勒教等内容而形成的秘密宗教组织。元代时，已在大都地区活动。宣扬“明王出世”、“弥勒降生”，借以鼓动人心。永乐时，昌平县刘化聚众传教，自称是“弥勒佛下世，当主天下”。当时从者日众，遂相聚为乱。景泰年间，成化年间都发生过白莲教“刺血誓天，欲谋为乱”的事件，而且都和内廷的太监有牵连。白莲教的活动深入宫禁，使明朝统治者大为震惊。但越禁越传，嘉靖以后，白莲教的频繁活动“布满畿甸”。“各州县、营路、卫所、乡村、镇店”的广大群众“六和响应，顶礼皈依”。教徒不下二百余万。
万历二十五年（1595年），教首王森到北京进行秘密活动，白莲教顿时声势大振。同年王森被捕，判处死罪，经行贿后释放。万历四十二年（1614年）又被捕，死于狱中。可是白莲教在北京城中的秘密活动进入了高潮，“游食僧道，千百成群，名炼魔，行踪诡秘，莫可究诘”，“妖言惑众，实繁有徒”。
白莲教在帝京之内，御辇之下，进行秘密活动。不但屡禁不绝，而且深入宫廷。其原因是京畿地区在厂卫特务政治的淫威之下，人们只能利用秘密宗教活动的方法渲泄心中的愤懑。而白莲教中神秘的预言，又鼓舞了人们对未来的信念，在浓黑的夜幕中，点燃了光明的火炬。
天启二年（1622年），白莲教在山东起义，京畿南部地区人民起而响应。起义军切断大运河，攻占了许多州县，明廷十分恐慌，抽调了蓟辽戍兵才把起义镇压下去，可是白莲教的秘密活动仍然遍布京畿地区。 | 
