明清两代，北京药王庙有10处，其中最著名的有4座，即东直门内的小药王庙（又叫东药王庙），地安门外西步量桥的西药王庙，安定门内的北药王庙和崇文门外东晓市的南药王庙。
东药王庙在原东直门内46号，属积庆坊。据明代沈榜《宛署杂记》载，该庙为“万历三年太监冯保建，上赐额普济药王庙，内庭施药于此”。清代吴长元《宸垣识略》也记载：“福世药王庙在东直门内街北，明万历有御制碑。”
《北京市文物腾迹大全》（东城区卷）记载：东直门内大街85号（原46号）有庙坐北朝南。据50年代调查，该庙很大，山门为歇山调大脊筒瓦顶，两旁各有角门一座，额书“敕建福世普济药王庙”；山门内为天王殿，面阔三间10米，进深8米，硬山调大脊筒瓦顶，前有月台，殿前有螭首方座石碑一座，额篆“敕建福世普济药王庙碑铭”，明万历年间立。
《日下旧闻考》、《光绪顺天府志》也均记载药王庙有明万历年间碑。从文献记载可知，该庙原有三殿，前殿供奉释迦牟尼像，中殿是药王殿，供奉伏羲氏、神农氏，并有张仲景、孙思邈等。药王是神化了的古代名医或传说中的名医，如传说曾尝百草的神农氏以及扁鹊等。民间传说孙思邈因救活一条白蛇而被尊为药王。后殿是两层楼式佛殿，供奉观世音菩萨、眼光娘娘、送子娘娘。1937年调查时，该庙由白贤珍道士住持。
药王庙属道教庙宇，除每月朔望开庙外，历年四月二十八日传为药王圣诞，照例在药王庙举行庙会，香火旺盛。庙会上有不少香客前来烧香，庙内外均有小商贩，都是卖酸梅汤、汽水等清凉饮料的。民国后逐渐冷落。1985年调查时，山门及各殿尚存，万历碑已无下落，该庙刻有“敕建福世普济药王庙”等铭文的大钟已移至大钟寺古钟博物馆陈列。
西药王庙在地安门外海子西侧，临西步量桥。《春明梦余录》：“皇城内河来自玉泉山，经高梁桥分而为二，一灌城院；一从德胜水关汇入后湖，至药王庙西桥下流入禁地。”于敏中等人椐实地考察予以更正，指出“今药王庙东有桥名西步量桥，玉河水由此入”。其东还有火神庙，即火德真君庙。西药王庙为明末大太监魏忠贤所修。《渌水亭杂识》载，该庙为“天启中魏忠贤所建也，落成时帝加奖谕，赐赉甚厚。”由于西药王庙濒临什刹海，风景优美，当年游客很多。每逢朔望开庙，烧香者众多。崇祯时，作恶多端的魏忠贤被诛，人们把当时庙前的歌功颂德碑尽行捣毁。庙会也逐渐消失。
北药王庙在旧鼓楼大街。《宸垣识略》载，该庙为“明嘉靖中建，有本朝顺治间大学士洪承畴碑二”。至民国时，秋生考察记载，当时“庙虽大半坍塌，古碑尤存”。清《燕京岁时记》：“小药王庙在东直门内路北，北药王庙在旧鼓楼大街。自正月起，每朔日、望日有庙市，市皆妇女零用之物，无甚可观。”
规模最大的南药王庙在崇文门外东晓市大街路北，建于明代末年。相传为武靖侯李诚铭出资所建。清康熙年间重修，殿宇宏伟。据明《帝京景物略》载，庙祀有三皇，即伏羲、神农、黄帝。其次有：“左次，孙思邈，曾医龙子，出千金云乎龙藏者；右次，韦慈藏，左将一丸，右蹲黑犬，人称药王也。侧十名医、三皇时之岐伯、番公、秦之扁鹊，汉之淳于黄、张仲景，魏之华佗，晋之王叔和、皇甫谧、葛洪、唐之李景和。盖儒道服不一矣”。院内有碑，庙前有两尊大铁狮子，山门墙上写着“敕封药王庙”。进入山门，两侧是钟鼓楼，楼前有两个大旗杆，每年腊月挂红灯笼，一直挂到正月底。庙宇分三层，第一层正殿，东西各有三间配殿。第二层正殿为玉皇殿，东配殿为斗姥娘娘殿，西配殿有九位圣母。第三层是三清殿，正殿五大间，正中供三清，两侧十余位天神。整个南药王庙占地20余亩。明末清初，这里香火极盛，每月朔望及药王爷生日烧香进香人络绎不绝。据《帝京岁时纪胜》载，庙会期间，“拜庙进香者多不得入庙，于神路街外设香池数处，焚香遥拜”。而《帝京景物略》记载，“月朔望，焚楮香，祈报弭焉。男女彭彭然，晨夙兴，午余罢。”历年四月二十八日为药王爷生日，在庙内戏台上演戏庆祝。药王庙还养鱼种花，设过花市。清光绪二十六年（1900年）庚子事变后，南药王庙周围出现各种手工业作坊，春秋做小帽，夏天做草帽，冬天做毡帽、皮棉帽，以后又出现荷包、手巴掌、布袜子、鞋垫等批发货摊。因为南药王庙的老道允许一些作坊把设摊用的工具和货物寄存在庙里，所以，大部分货主摊商迁至南药王庙前营业，这样，没有庙会期间，这里也有集市，而生意愈加兴旺。到民国初年，市场从原来十几个货摊，发展到五六十个。到20年代，药王庙周围有摊贩近300个，最初主要是赶庙会摆摊的小商小贩和四乡八镇的商贩，后来一些外地客商也来药王庙办货。解放前夕，南药王庙百货批发市场纷纷倒闭，大多数批发商店也奄奄一息，整个市场前景暗淡。
解放后，恢复了南药王庙百货批发市场。到1954年，南药王庙百货批发市场很快出现繁荣。1955年，这个市场已有摊商3000多户。到1956年，结束了南药王庙百货批发市场的历史。南药王庙现为中学所在地，为崇文区文物暂保单位。 | 
