西苑，亦称三海，形成于明代，因其地处皇宫之西，故称西苑，是一处皇家禁苑。清代承袭明制，亦以西苑为皇家游乐避暑胜地。晚清时期，西苑成了慈禧的重要活动场所之一。
慈禧，即西太后，清文宗奕詝(咸丰)的贵妃，清穆宗载淳(同治)的生母。咸丰死后，慈禧勾结恭亲王奕訢，发动“北京政变”，夺取了清朝的最高统治权力，操纵同治、光绪两朝大权，统治中国长达四十八年之久。光绪年间，慈禧曾大修三海；并把北堂迁走，将其地划入西苑范围之内；还在西苑修筑了一条小铁路；“戊戌变法”失败后，又将光绪皇帝囚禁于瀛台，慈禧自己最后也死于西苑的仪銮殿。
清代皇帝从康熙修建畅春园起，就有园居的习惯。有清一代在北京西郊先后营造了畅春园、圆明园、清漪园(万寿山)、静明园(玉泉山)、静宜园(香山)等皇家行宫御苑，即所谓的“三山五园”。特别是被誉为“万园之园”的圆明园，是清代历代帝王的主要园居场所。
咸丰十年(1860年)第二次鸦片战争中，英法联军灭绝人性地焚毁了圆明园，同时还严重地摧残了清漪园(慈禧时改称颐和园)等北京西郊的皇家行宫御苑，使清廷失去了避暑听政的场所。因此，清代前期帝后“多往圆明园避暑，至同(治)、光(绪)间始回南海”。
慈禧当政后，力图恢复圆明园。同治十二年(1873年)，时值慈禧四十整岁，遂以奉养两宫皇太后为借口，由穆宗下令内务府修复圆明园。但由于经济窘困，材料缺乏，不得不于次年停工。然而，慈禧修复园林的欲望并未因此而稍有消减，就在诏告修复圆明园工程停工的同时，又宣布着手修建近在宫掖的三海。可是，正当同治准备投入筹划三海工程时，这位天子却一病不起，龙驭上宾了，修建三海的拟议也只好暂时作罢。
光绪十二年(1886年)，载湉已经十六岁，慈禧在不得不宣布由光绪亲政；自己准备退居幕后的前夕，又乘机大兴土木，以作为她“归政”后颐养享乐的场所。首先大规模修建的就是西苑。
早在光绪十二年(1885年)五月初九日，慈禧已亲令御前大臣、军机大臣、奉宸苑会同醇亲王奕譞，负责组织修建西苑，并要他们“随时具奏”。奕譞为了迎合慈禧的奢望，按照慈禧“查看三海等处应修工程，即行修理”的懿旨，从光绪十二年起，对三海进行了大规模的修建。
据记载，这次工程包括新建、改建及拆修、补修等项，在南海重修了瀛台、翔鸾阁、澄怀堂以及仪銮两卷殿等约九十八处；在中海重修了船坞、水云榭，并添盖了军机处等；在北海重修了承光殿、阐福寺、画舫斋等近二十处。其重点工程主要集中在南海的瀛台和中海的仪銮殿等。
仪銮殿是专门为慈禧建造的寝宫，选建在中海西岸中段、丰泽园与紫光阁之间的空地上，地近风光秀美的“太液秋风”。这是一组以仪銮两卷殿为中心，前后三进，座北朝南的宫殿式建筑群，仪銮两卷殿为其正殿。
慈禧对修建工程的质量要求十分严苛，有时一天之内要派李莲英两次去工地查看，督促工程进度。为了驱除油饰气味和湿气，慈禧旨令在刚刚落成的殿座内“焚烧各种香面”,“所有各座地炕如修齐后，于六日内赶紧烧干”。
由于工程浩繁，工期紧迫，清廷除派奕譞为首的三十二人为工程监督外，广招京师经营土木工程的商贾分别进行承包。
在三海修建过程中，慈禧还把中海西面的蚕池口天主教堂(即北堂)迁到西安门内西什库重建，将教堂地址划入三海的范围之内。
北堂建于康熙年间，是康熙为法国传教士张诚、白晋等人赐建的，初名救世堂。道光时北堂被清廷藉没，并拆除大堂。1860年又归还北堂，并重新修建。由于北堂地处西苑附近，建筑高大，可以俯视禁苑，慈禧和清廷深以为患，几次交涉迁建，均遭法方拒绝。于是，便在慈禧“归政”前夕，以西苑为慈禧“归政”后的颐养之地，地势狭隘为由，与法方交涉迁出北堂。慈禧欲收回北堂的另一个重要原因，是要得到那里的众多生物标本。法国传教士达米德是一位生物学家，他曾游历中外的一些名山大川，收集了不少动植物标本，同治年间在重修北堂时，在北堂创建了一座博物馆，陈列珍禽标本八百余种，虫豸蝴蝶三千余种，还有一些动物的骨骼和标本，这在当时的中国还是首创。
交涉事宜在奕譞的主持下，由李鸿章出面。对方提出了十分苛刻的条件，但由于三海工程期限紧迫，清廷心情急切，对所提条件一一应允，答应给对方白银三十五万两做为搬迁费用。对方同意在搬迁北堂的同时，愿将“博物馆一并献与太后，以供消遣”。
北堂收回后，清廷又征收蚕池口附近二千余户民房，从紫光阁以西建起围墙，将此地取名为集灵囿。
修建三海工程之时，中法战争刚刚结束，清政府的财政相当困难，奕譞不得不东挪西借。光绪十一年十二月，慈禧命粤海关监督筹款一百万两，并强令其每年“报效”三万两。接着，户部“以三海工程紧要，需款甚殷”，把海军衙门所借洋款中的四十万两挪用。光绪十二年十—月，奕譞又清求李鸿章帮忙，“指称创建京师水操学堂或贵处某事”，借洋款八十万两，以资急需。清廷为缩减开支，尽量限制工期，减低工人工资。据记载：当时凡宫廷大工程的支出，一般是“三成到二”，而由内务府经手的工程，分给包工木厂的不过总额的十分之—。经过层层盘剥，最后到工匠手中的已是极其低微。由于工匠劳动繁重，工价又低，光绪十二至十三年，曾先后三次爆发了工匠罢工，要求增加工资，均遭到清廷的镇压。
经过三年紧张的施工，三海工程：于光绪十四年(1888年)四月先后竣工。慈禧急不可耐地择于四月初十日驻跸西苑。但是，由于仪銮两卷殿油漆未齐，只好临时居在丰泽园内的怀仁堂。直到七月初一才移驾仪銮殿新宫。在此后的数年里，慈禧大部分时间均住在仪銮殿。勤政殿是慈禧的听政之所。光绪十七年(1891年)四月，颐和园修竣，慈禧才驻往颐和园。但进城时仍居住在仪銮殿，尤其是冬季，则多以居住在西苑的仪銮殿为主。
也就在三海工程告竣的当年十二月，在西苑还建成了一条专供慈禧使用的小铁路。
根据档案资料，西苑小铁路南起慈禧在西苑的寝宫仪銮殿近旁的瀛秀园门外，北至北海北岸的镜清斋(静心斋)。铁路分先后两期建成，先成紫光阁路段，后又向北延伸，穿过福华门，入阳泽门，再沿北海西岸北行，经极乐世界、阐福寺(今植物园)、浴兰轩、大西天，至终点静心斋。西苑铁路总长为四百七十二丈，即1,514.4米，约三华里。在静心斋门前建有小型的火车站站廊。 小火车原系天津海关道周馥、候补道潘骏德，向法国新盛公司德威尼订购的，共有“洋轮坐车六辆，丹特火机车一辆并铁轨七里余”。车辆运抵北京后，经海军衙门验得：“坐车六辆内，上等极好车一辆，上等坐车二辆，陈设华美，制作精工；中等坐车二辆，行李车一辆，亦俱材质光洁；尚有铁路七里有奇”。这些车辆，由李鸿章进呈给慈禧。
《翁文恭日记》光绪十四年(戊子)十一月初六日记载：“合肥(李鸿章)以六火轮车进呈(五进上，一送邸)，今日呈太后御览。今紫光阁铁路已成，未知可试否？”。光绪十四年十一月十一日又记称：“观新进之火轮车，约长三、四丈，狭长，对面两列可容二十八人，凡三轮。又观机器车，不过丈余，此天津所进。三辆留西苑，三辆交火器营收，昨日甫到也”。
从上述记载可知，光绪皇帝的师傅翁同和当年是亲眼看到了李鸿章所进呈的火车的，这些车辆比今天通行的标准车厢要小得多。
慈禧在移驻西苑后，于每日上午御政完毕，稍事憩息，便偕光绪帝等乘小火车至镜清斋用膳、吸鸦片，镜清斋则是慈禧的临幸别墅。据说，由于慈禧怕火车头鸣笛声败坏了紫禁城的风水，故小火车改由太监牵绳拽引而行。当时流传的一首“清宫词”写道：“宫奴左右引黄幡，轨道平铺瀛秀园；日午御餐传北海，湖轮直过福华门”。这就是当年西苑铁火车运行情形的具体写照。
西苑铁路于1900年(光绪二十六年)被八国联军捣毁。西苑铁路虽反映了慈禧的享乐生活，但它却是清政府在北京修建的一条正式通了车的铁路。慈禧在此之前从未见过铁路、火车，更未坐过火车。西苑铁路的修建与通车，使慈禧及一些出入内廷的王公显贵，皆藉此大开眼界，使慈禧改变了对修建铁路的态度，由犹豫不决转向支持修路派的主张。
光绪帝载湉从1887年起开始亲政，两年后慈禧“撤帘归政”，但朝政仍受慈禧的控制，光绪帝欲有所作为，于是便发生了帝、后的矛盾，逐渐形成了帝党与后党。
光绪二十一年(1895年)中日甲午战争，清政府战败。早在第二次鸦片战争之后出现的改良主义思想再次抬头，形成变法图强的改良思潮。甲午战争清政府战败的消息传至北京，康有为在北京发动各省应试举人1,300余人，联名向光绪帝上书，提出“拒和、迁都、变法”的主张，反对签订《马关条约》。继而又在北京、上海组织强学会，发行报刊，鼓吹“变法图强”，掀起维新运动。他们的维新运动，得到了翁同和等帝党官僚的支持。光绪二十四年(1898年)六月，光绪帝颁发“明定国是”诏书，宣布变法，实行新政。先后发布数十条除旧布新的诏谕。新政引起守旧派的嫉恨，九月二十一日慈禧发动政变，捕杀了谭嗣同等维新派，光绪帝亦被囚禁于南海的瀛台，变法宣告失败。
瀛台，位于南海之中，四面环水，一面设有板桥以通岸边，是清朝历代皇帝盛夏避暑、听政之地。“戊戌变法”失败后，慈禧即以光绪帝名义下诏，宣布皇帝有病，由慈禧临朝听政。当日便将光绪帝赶出养心殿，软禁于慈宁宫左面的偏房中，由16名太监轮番看守。不久，又将光绪帝迁禁于瀛台。当慈禧驻跸颐和园时，便把光绪帝迁禁于颐和园的玉澜堂。
瀛台，一向被视为人间仙境的地方，一变而成了囚禁光绪帝的囹圄。光绪帝当时被囚于瀛台的涵元殿，这是瀛台的一座正殿。在此期间，光绪帝除了每天被拉去陪同慈禧“早朝”外，便不得自由出入了。光绪帝在瀛台除了受李莲英选派的太监监管外，从肉体到精神都遭到慈禧的折磨。寒冬腊月，窗纸凋破，室内寒不可耐。“门屏陈设，咸卑陋窳坏不堪”。光绪帝时有“吾不如汉献帝”的慨叹。慈禧还残酷地把光绪帝唯一宠爱的珍妃，也是在推行新法期间光绪帝身边的后、妃中唯一同情、理解光绪帝事业的人，以“蛊惑圣聪”的罪名，打入冷宫，永远不使其与光绪帝见面。相传，光绪帝为了求得与珍妃见面，只能在夜深入静时由心腹太监用渡船送上岸，在珍妃住处隔着铁窗诉说衷肠。
光绪帝的一生，是在慈禧威力的挟持下度过的。戊戌变法失败后，名为皇帝，实为囚徒，满腔悲愤，郁积愁苦，病魔缠身，终于在光绪三十四年(1908年)十月二十一日死于涵元殿的东室，结束了他的一生。
历史往往巧合。据记载，慈禧在光绪帝死的当天，尚在终日料理大事，至晚乃获休息，虽极辛苦，而体气反较佳，还亲自决策立溥仪为帝，授溥仪之父为监国摄政王。然而，在次日的下午，这位操纵清朝最高统治权长达四十八年、专横残暴的慈禧太后，也离开了人世，较光绪帝之死只晚一天。
光绪帝与慈禧之死仅一天之差，这使当时的政坛舆论及后来的史学界，发生种种怀疑和猜测，成为清末的一大疑案。
慈禧与西苑
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