云居寺系中国北方佛教圣地，建寺、刻经、树碑，始于随唐时期，越辽（北宋）、金（南宋）、元、明、清，绵历千载，建成五进院落，六重殿宇，依次为天王殿、毗卢殿、大雄宝殿、药师殿、弥陀殿、大悲殿。整座寺高背倚苍翠“主山”，寺前“杖引泉”流成小溪，望石经山，跨六聘山，与东北方向的北洋皇宫相对应，其建筑特色及风格，甚与西藏拉萨的布达拉宫相媲美。
云居寺古塔，可称千古一绝，唐塔7座，辽塔5座。特别是那北塔，造型极为特殊，可以说是楼阁式覆钵式相结合，远眺犹如一倒扣大巨钟。此塔1989年国家拨款缮时，曾出现过奇妙巧合：施工中，塔基上所镶200余块有“诸法因缘生，我说是因缘，因缘尽帮灭，我作如是说”字样的铭文佛偈砖朽坏，需要去旧换新，施工人员苦于没有替代品，工程无法进行，这时北塔东南方向10米处施工用的淋灰坑里的灰水，一夜之间向正北方向汉渗而尽。水渗地方出现洼陷，长达10米，距北塔基不足2米。翌日，请来北京市文物专家勘测，专家推测塔基下可能有藏宝洞穴，当即动工挖宝。奇迹出现了，挖宝第一天，挖出了辽代建塔时埋下的佛偈砖221块，拆旧易新，恰巧用支20块，只余下1块，由此足见中国先民之慧和远见。
云居寺的石经山，是文物精品芬芳之宝库，9个藏经洞之一的雷音洞四壁共嵌有云居寺开山始祖静琬大师自随大业至唐初镌刻的146块石经，其中左右壁各30块，后壁41块，门首及门首左右又30块，其了处嵌15块：“峨峨石经册，莲峰吐金碧，秀气钟落题，胜概拟西天……。”这是明代永乐大帝的少帅高僧姚广孝（法号道衍）作为明太祖朱元璋的特使视察云居寺石经山留下的千古绝唱。他哪里知道，就是大明王朝的中后期，石经山会留下一桩“佛舍利疑案”。明万历二十年（1952的）4月15日，五台山僧人达观袢师自五台送龙子归京西潭拓寺。笃信佛都物慈圣皇太后闻讯，遗近臣陈儒等人，送斋供资。5月12日，达观来到云居寺，5月19日前往石经山雷音洞参拜。达观见洞风像设瘫敝，石经剥蚀，乃命在云居寺院住持明亮酌情整饬。动工次日，僧人们启开了雷音洞内的拜石，石下有穴，内藏石函一尺见方，面刻“大随大业十二年岁次丙子四月丁已朔八日甲子于此函内安置佛舍利三粒，愿住持永劫”36字铭文。雷音洞发现佛家瑰宝一事消息传到皇宫，慈圣太后垂涎三尺，冠冕堂皇请进皇宫朝拜。事实上，1981年文物考古工作者重新发现时，杰粒大小、米黄色佛家舍利由铭文记载的三粒变成为两粒，那“一粒”被成了两粒珍珠！是路途遗失？否，因为有达观禅师、太监陈儒及皇家卫队往返护送；是慈圣太后贪得我厌而“掉包”？极有可能。明、清之际“启蒙思想”（即真正的改革思想）家唐甄曾一针见血说道：“凡为王者皆贼也！”这也只是推测，因为谁也不敢与当年权倾朝野的慈圣皇太后核对，所以明朝“佛舍利疑案”一直流传至今。
云居寺在当今盛之年，文物精品荟萃，四海“宝藏”去集，纸本经卷存有2.2万卷，多数为明代刻本和手少本，具有极宝贵的学术价值和文物价值。明崇祯13年高僧释子祖慧用自己的舌头血书写而成的三卷本《大方广佛华严经》，里面凝聚着比金子还要珍贵千百倍的对信仰执着追求的“精神”！木版比为清代印刷《龙藏》所用木质雕版，世称“龙藏木版经”，现存7.7万块，其内容集佛都传入中国1700多年以来佛教曲籍译著之大成，是研究佛学、哲学、历史、文学艺术乃至翻译工作的重要方面资料。“龙藏木版经”始刻于清雍正十一年（1733年），乾隆三年（1738年）刻完。全部以版均选用上好梨木雕成，刻工精细。字体工整劲秀，佛像及版刻得生动美观，单就刻版而言，也是传世珍贵文物。这些年来，民间文物也在云居寺汇集。如天开塔面世的辽代乾统年间（公元1101-1105年）入藏塔基地宫的应化佛舍利；涿鹿大石窝汉夫子庙遗留的“风雨竹诗画”碑；大清喜庆皇帝圣旨；元代景教（基督教聂斯托夫利派）十字寺“十字石雕”复制品（原品存于南京博物院）；中国自用钱币如商朝贝壳币、春秋战国以至秦、汉、三国、两晋、南北朝、随唐、元、明、清、民国所流通的刀币、铲币、铜币、银元、纸币；清朝四大奇案之珠《杨乃武与小白菜》钦差办案奏折复件；清宫慈禧皇太后、末代皇帝溥仪、皇后婉容、醇亲王载沣、大太监李莲英像册；中华人民共和国成立前云居寺最后一任信持纯山（云居寺第13代住持）的墨书字画等等，均已入藏云居寺“民间收藏博物馆”内。
云居寺南塔之下50年代面世的10000多埠石版经，几址年业出现不同程度的风化残损。几经专家论证，已于1999年9月9日9时9秒藏现代化的、学者游人依然能观蟾考察的地穴之内贮存，可保世代永传；石经同九个藏经洞之一的现已对个开放的雷间洞四壁镶嵌石经版，曾有山体渗水腐蚀，1996年北京文物局古建修缮公司派人做了山体防治耒处理，至1999年近4年时间观察，渗水得到了抑制，经版保存复见完好状态。遗憾的是：另有8个封闭藏经洞藏有石经之精华--随唐时期石经版4000多块，50年代经国家文物部门批准，曾移出移进拓印史料，从那以后至今于洞中严密封闭，有无风化残损，谁也不得而知。期盼着文物专家及有关人士，适时巡察，并科学地设计出保存方案，使这些石经与与地穴中石经一样世代永传。 | 
