一、元朝时期的藏传佛教 公元1227年，蒙古王室灭掉了与藏族有密切关系的西夏王朝。成吉思汗的孙子、元太宗窝阔台之子阔端受命统治西夏故地后，进而把势力延伸到西藏。1239年，阔端派他的将领多达那波率蒙古军马从青海一直打到藏北。在征战中, 多达那波了解了西藏各派势力集团的情况及特点，提出罢兵与高僧会谈，以解决西藏归顺的主张。1241年，多达那波停止了军爭行动，并把军队撤回到甘肃, 等待阔端的命令。过了三年，阔端再次派多达那波到西藏，带给萨迦派首领萨迦班智达一封信和礼物，邀请萨班到凉州会晤。接到阔端的信后，萨迦班智达为了西藏僧俗民众生灵免遭军事涂炭，毅然决定前往凉州。鉴于他此行使命重大，关系到西藏各教派势力集团的利益，到凉州前必须和各派势力磋商。萨迦班智达于1244年携带自己的两个侄子10岁的八思巴和6岁的恰那多杰从萨迦出发，沿路亦商各派的立场，统一了各派意见后，于1246年到达凉州。
1247年，阔端与萨班会见。这是西藏佛教领袖人物和蒙古王室成员的首次接触会见。后萨迦班智达给西藏僧俗领主写了一封公开信，即著名的《萨班致蕃人书》。通过阔端和萨班的谈判，确定了西藏归顺蒙古汗国，西藏的僧俗官员和百姓都成为蒙古大汗的臣民。
1251年，蒙哥继承汗位后，将原來阔端的封地，包括过去西夏王室的封地，甘肃、青海两地的部分藏族地区连同汉族地区划给他的弟弟忽必烈。1253年，八思巴在六盘山首次晋见忽必烈。八思巴在萨迦班智达的教诲下，在青年时代就在佛经和历史等方面很有成就，因而赢得忽必烈的赏识。从此以后，八思巴一直追随忽必烈，成为忽必烈所供奉的僧人。1260年，忽必烈登上大汗位，立即封八思巴为国师。八思巴为忽必烈做萨迦特有的吉祥喜金刚灌顶三次，这是金刚乘教法在蒙古传播的开始。
第一次忽必烈贡献了西藏十三万户，作为八思巴的领地，第二次奉献了以大白法螺为主的吐蕃三区。在供养帝师时，皇帝还赐给黄金、珍珠等宝物。忽必烈还让帝师统领宣政院，当时的宣政院“秩从一品”，帝师也是拿皇家俸禄的一品大员。八思巴在大都首要任务是为皇帝、后妃、宗王、皇子们传法、授戒、灌顶，主持各大寺的佛事。如，1262年11月在圣安寺作佛顶金轮会，次月又在昊夭寺作佛事七昼夜，皇帝赐银一万五下两。甚至于当山西发生旱灾时，也派遣喇嘛做法求雨。
元代，在京兴建了一批藏传佛教寺院，皇帝都给予土地供养。据《续红简录》载，“大德五年（1301年），赐兴教寺地十顷，上都乾元寺地九十顷, 万安寺地六百顷，南寺地二十顷。皇庆初年（1312年），赐太普庆寺八万亩, 邸舍400间。……至治初年（1321年），大永福寺番成，赐金500两，钞50贯，杂缎万匹。又赐西撒思加地僧千两，袈裟二万袭。已命帝师受具足戒。赐银各钜万……”。据天历二年（1329年）中书省统计，佛事岁费千万，较大德年间“増多金1150两，银6200两，钞56200锭，币帛34000余匹”。
1264年，忽必烈在宁都设立“总制院”（后改为“宣政院”），掌握全国佛教爭务及藏区行政事务，八思巴受命领导总制院。是年，八思巴返回西藏巡视。四年后，在忽必烈的一再催促下，八思巴返回中都。代摄国政的皇太子真金、后妃、大臣等众人在印度进口的大象背上安设珍宝璎珞装饰的宝座供八思巴骑用，宝座四周遍布珍贵锦锻制造的华贵伞盖、红幡、旌旗和盛大鼓乐仪仗，参加欢迎仪式的达官显贵送上极其丰厚的钱、物、供养八思巴国师。
八思巴再次抵大都后，进献了他奉命创制的蒙古新字。同时，忽必烈升任八思巴为大宝法王，并赐玉印。
1270年，忽必烈对八思巴创立蒙古新字给予表彰，封赏八思巴为“皇夭之下，大地之上，西天佛子，化身佛陀，创制文字，辅治国政，五明班智达帝师”。时年八思巴31岁。
八思巴受封帝师后，藏传佛教佛事活动进人宫廷，并形成制度。为纪念元朝列祖列宗，帝师要在太庙作佛事七昼夜。忽必烈根据八思巴的意见，在大明殿御座上方放一顶用素缎制成，书写金字经文的白伞盖，以镇服邪魔，保护国家安定。并规定，每年2月15日在大明殿举行白伞盖佛事。这是一项由皇帝、后妃、官民百姓、军匠、僧人参加的大规模佛事活动"。《元史》称之为“游皇城”。此活动规模巨大，要举行三天。14日，帝师率领僧众500人在大明殿诵经做法。15日，把白伞盖放在御座之上，再将伞盖和御座放到宝车，举着各色彩旗的仪仗队和卫队在殿前整齐排列，举着各种旗帜的社会各阶层、各团体在崇天门外（今天安门）依次排列迎引白伞盖出皇宫，一行人等到庆寿寺,寺内准备素斋，吃罢斋饭继续游城，从西宫门外垣海子南岸东行，进东华门，过延春门而西。皇帝、后妃、公主在玉德殿门外搭金脊彩楼观览，仪仗护送白伞盖还宫，恭敬地安放在御塌之上。帝师和僧众继续诵经，至16日结束。
元朝时，藏僧在北京作佛爭越來越多，规模越來越大。据统计，世祖年间每岁所作佛事有百余种；至成宗大德七年（1303年），每年宫廷佛事活动已增至500余种，几十年间，佛事活动频繁增加，连翻四倍。顺帝至正十三年（1353年），近臣哈麻等人推荐藏僧在宫内“行房中运气之术”，号演揲儿法,又引进藏传佛教善秘密法，让顺帝学习。于是顺帝在皇宫里面兴土木，建月宫，并命令宫女扮三圣奴、妙乐奴、文殊奴等16人学习藏传佛教舞蹈，俗称“十六天魔舞”。宫中作秘密法时，只允许授秘密戒的宫官入内。
从八思巴授封帝师到元朝灭亡，历代皇帝都有帝师，这在元朝成为一种制度，它成为藏传佛教在北京传入与发展的保证。
帝师的职责：一是给皇帝传授佛戒，举行灌顶等宗教仪式。带领僧众作佛事，为皇帝及其家族祈福延寿、禳灾祛难、祝福国泰民安。从忽必烈登上皇位到妥欢帖睦尔，每位皇帝都有帝师，皇帝登基前后都要受佛戒，举行灌顶仪式。史料中也记载了皇后、皇子、公主受佛戒的情况。皇宫内课的法事名目繁多，每次法事时，帝师或带僧众少则几十人，多则108人，更有饭僧7万人诵经的记载。每次法会少则七日，多则月余，更有从四月诵经做法至年底者，显见崇尚佛教。二是领宣政院。宣政院是元朝管理藏区事务和全国宗教爭务的机构。于1288年由总制院改名而来。这一机构和原先的总制院是不同时期的两个名称。
元世祖忽必烈迁都到大都时，当时的中央政权有四大机构，即中书省、御史台、枢密院和总制院。总制院后改名宣政院，由帝师担任主管领导。“宣政院秩从一品”，宣政院在藏区设置三个宣慰使司都元帅府，分别管理甘肃、青海、四川阿坝、云南藏区和西藏。他们都是地方行政、军事、财政、宗教工作的大员。宣政院在全国还设立了不少行宣政院，如吐蕃行宣政院、福建行宣政院、陕西行宣政院、杭州行宣政院等，主要管理宗教质务。三是领吐蕃事。即管理吐蕃地区的行政宗教来务。《元史》中说“吐蕃之地，设官分职而领之帝师”，表明皇帝把吐蕃之地封赐给他，标明帝师即是吐蕃的宗教领袖，又并理世俗政务，这是西藏政教合一制度的开始。
元朝设立帝师制度，在加强对藏区的统治方面起了重要作用。既然统治者利用宗教势力加强其统治，就要大力宣扬帝师的法力，扩大帝师的影响，加强帝师的地位。于是，帝师被推崇为能保护帝王平安和国家兴旺的神。《元史》中记述，皇帝和后、妃都要因为受戒而对帝师顶礼膜拜；在百官朝会时，皇帝还要给帝师设专座；对于帝师的衣、食、住、行，都给予极特殊的待遇，对帝师的迎送，皇帝给半驾仪仗，并命令朝廷一品以下的官员到郊外迎接；帝师离开京城要经皇帝同意，由中书省派逍重要大员随行，还要赐给金、银、钞、币万计；每位帝师继位之时，皇帝都要以“络珠”为字下诏布告夭下并赐给玉印；帝师死后也受尊崇，皇帝命百官出城祭祀，派大臣护送帝师舍利回故里, 史载给金五百两、银两千五百两、钞千五百锭、帛五千匹，还有建塔、建寺、建殿的各种赏赐，给予至高无上的荣誉称号，如八思巴死后赐号“皇天之下, 一人之上，开教宣文辅治，大圣至德，普觉真智，祐国如意大宝法王，西天佛子，大元帝师，板的达八思巴八合失”。
至正十五年（1355年），元顺帝妥欢帖睦尔应推翻萨迦派政权的帕莫竹巴喝举派教主绛曲坚参请求，封其为“大司徒”，赐银印1颗（此印现存西藏档案馆），准其“世袭罔替”统领西藏。从而，自14世纪出现了帕莫竹巴喝举派教主一代接一代统领西藏的新时期。这也促使明朝统治者采取“多封众建”策略，保持西藏地方的长期稳定。
二、明朝时期的藏传佛教
明太祖対西藏和西北、西南所有藏族居住区的形势都很重视。洪武初年, 明太祖遣大将邓愈率大军数十万，进军西北，元朝在甘肃、青海、西康设立的政府机构“朵甘思宣慰使”，在西藏设立的政府机构“乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使”，均向明朝归顺:，至此，明朝继承了元朝包括西藏在内的版图。
为保证西藏等边疆地区的稳定，朱元璋对做过元朝帝师的大喇嘛，只要诚心归顺，拥护明朝统治，来朝进贡，愿意继续为大明皇帝供职的，都给官做,而且听从他们的建议，安排官职，封赏佛号，以安各族。
为展示朱元璋的恩威，他在河州（今甘肃临夏）、朵甘（即今西康地区）、乌思藏（今西藏）设立行部指挥使司。当时在西藏噶举派（白教）的帕主政权代替了萨迦政权。帕主政权对明朝中央政府非常“恭顺”，明确承认西藏地方政权与明朝中央政权是隶属关系。帕主政权的每一代旧第司下台，新第司上任，皆向明朝中央政权呈请批准，给予“敕书”，更换“印信”；帕主政权每三年要向明中央政权“进贡”一次方物；帕主政权还会同西康、青海地方的头人共同负责修复并维 护由西藏通向内地的驿站，保证了明廷和西藏的政令畅通，形成西藏和明中央政权的妥顺关系。
明中央政权对西藏的统治策略是“惟因其俗尚，用僧徒化导为善”，所以对西藏藏传佛教各教派的宗教首领，都给予封赏，形成管理西藏的“多封众建”政策，使藏传佛教各派赢得在北京的发展。
明朝初年，明太祖出于统一国家的政治需要，于1369年派遣陕西行省员外郎许允德前往西藏，要求元朝时任命的僧俗官员，归顺明朝。元朝最后一任帝师喃迦巴藏卜和国公南哥思丹八亦监藏于1372年底派人到南京进贡，明太祖赏赐精美的禅衣和钱物。1373年初，喃迦巴藏卜亲口入朝，举荐元时的僧、俗官员60人。明太祖对喃迦巴藏卜举荐之人，都作了职务上的安排，封喃迦巴藏卜为“炽盛佛宝国师”。明太祖年间，还任命了在西藏有影响的章阳沙加监藏为灌顶国师，后由其徒弟锁南札思巴噫监藏卜承袭，再由吉刺思巴监藏巴藏卜在1389年承袭国师之职；又任命了八思巴之后人公哥监藏巴藏卜为圆智妙觉弘教大国师。
1403年，明成祖继承帝业。成祖命高僧智光赴藏诏请噶玛噶举派第五世教主德银协巴（即名僧哈立麻）至京城。1406年，哈立麻至南京。成祖在奉天殿召见，又在华盖殿宴请，御赐黄金、白金和钱钞，以及高贵的佛教用品。又在灵谷寺设普度大斋七日，明成祖亲自前往烧香，连日会见哈立麻。封哈立麻为“万行具足十方最盛圆觉妙智慧善普应祐国演教如来大宝法王西天大善自在佛，领天下释教”。并赐印诰及金、银、金珠袈裟、金银器、鞍马。哈立麻的两个徒弟也分别授予大国师之衔。
1414年，明成祖又遣人请來萨迦派名僧昆泽思巴，成祖召见，赏赐藏经、银钞、鞍马等物，封为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”。领天下释教。并赐印诰、袈裟、幡幢、鞍马、绸伞等器物。明成祖対昆泽思巴接待的规格低于对大宝法王的接待。
明成祖年间，除封大宝法王、大乘法王外，还对在西藏某一地区有影响的藏僧进行封赏。1406年，封帕木竹巴之地高僧章阳沙迦监藏灌顶国师的再传弟子，噶举派传人吉刺思巴监藏巴藏卜为阐化王；1407年，封陕西一带灵藏之地的名僧蓍思巴儿监藏为赞善王；1407年，封昌都地区馆觉之地的高僧宗巴斡，即南哥巴藏卜为护教王；1413年，封仍必力工瓦之地，即直贡喝举派的高僧领真巴儿吉坚藏为阐教王；1413年，封乃思达藏（今萨迦寺以南）地区名僧南渴烈思巴为辅教王。
明成祖继位之初，即派汉地通藏语和藏文经典的高僧智光出使西藏，遍访名山大寺，与甘青和藏内各派高僧会晤，宣传明朝尊重藏传佛教的开明政策, 使“五王”之地的高僧纷纷遣使朝贡，表示倾心向内，拥护明朝统治。明成祖封五王之后，中央政府在各王所辖之地设置驿站，以保证中央政府与藏地的联系畅通，高僧岁时朝贡，也使藏传佛教文化在北京得以传播和发展。 明成祖于1408年、1414年两次派专使拿着金册、诏书和礼品召请格鲁派宗喀巴教主至京。宗喀巴派弟子释迦也失东来，于1414年至南京，受封为 “妙觉圆通慈慧普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师”，并有丰厚的赏赐。释迦也失回藏后，用明成祖赏赐的大量钱物，于1419年修建了黄教三大寺院之一的色拉寺。
明成祖一朝，受封的藏僧极多，対僧官中遵守戒律、修佛勤奋，在信众中颇有影响者，多授予喇嘛、禅师、灌顶国师之号，也有加至大国师、西天佛子之号者，朝廷都给予封号的印信文书，允许世袭，并且令他们遣使进京朝贡。
明成祖实现了 “多封众建，尚用僧徒”，“制御吐蕃”的目的。自此以后, 每代新法王继位时，纷纷遣使人贡，取得封号才为合法，成为一种制度。
1426年宣宗继位，继续采取“多封众建”的政策。宣德元年（1426年）， 因藏僧绥边有功，将国师咤思巴领占等五人加封为国师，给予任职的命令文书和银印，给予四品官的俸禄；加封剌马善星等六人为禅师，给予任职的命令文书和银印，给予六品官的俸禄。
宣宗对释迦也失极其重视，留他作御前经师，并让他到各地讲经传法，广行法事。释迦也失成为黄教在京正式传播的第一位高僧。宣宗对释迦也失的任用非常重视，于1434年命令成国公朱刃、礼部尚书胡淡在隆重仪仗的护持下册封释迦也失为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。宣宗年间，加封数次奉命出使西藏的智光大国师为西天佛子。宣宗还派专使以丰厚的赏赐看赞善王、阐化王和阐化王从子接受传承等。
明朝对藏传佛教首领人物的尊崇和封赏，据《金罄退食笔记》载：“以西域僧（即藏僧）主之，食二品俸。”对明廷封号法王者，给予寺庙，在京修持。据《明实录》载，大慈恩寺曾是大应法王扎实巴修持之庙，皇帝对他“赏赍隆厚”，出入皇宫，极为显耀。对此，史载：“西僧以秘密教得幸，服食器用偕似王者，出入乘棕舆，卫卒执金吾仗前导，达官贵人莫敢不避路“每召入大内诵经咒……锦衣玉食者几千人……”“其所供养过于亲王”。扎实巴还于成化四年（1468年）乞请皇帝将宛平县十户为其寺佃户，天津静海县树深庄地一段赐为该寺之常住田。
兴教寺是大兴法王嘉勒干凌戬的焚修之所，为保证他们“领众焚修”，特划拨“F田地一顷五十八亩五分”，免征粮草，并颁发敕谕，以确保寺庙対该地的所有权。还以皇帝的名义刻碑立石，申明“毋得侵占土地及侮谩欺凌以沮坏其教”，并声明“敢有不尊朕命者，论之于法”。
明廷对喇嘛优厚的待遇，使大量的番地僧人不断涌向北京。据统计，宣德至正统年间（1426年一1450年），每年来京朝贡者只有三四十人，到景泰年间（1450年一1457年），每年來京朝贡者成十倍增长，天顺年间（1457年一 1465年），成百倍增长。明成祖时，藏地使臣到北京进贡完毕后，随即遣还西藏。到宣宗年间，进贡的使臣多长期留住于北京。来京者越来越多，走的人越來越少，加重了朝廷对來京使臣供养的负担。明朝政府对来贡番僧，根据其地位高低给予不同的待遇。接待规格最高的是法王、西天佛子，再依次是大国师、国师、禅师、都纲、剌马。光禄寺每田频繁接待，耗费猛增。宣德末年, 入居京师各寺的来使最多，据当时记载，“盖此辈于光禄寺日给酒馔牲廩，有日支二次、三次者。此外又别支廩给”，显然光禄寺难于管理。
1457年英宗继位，英宗一朝的第一件班就是减少政府的财政负担，削减在京藏僧690人的供给。其后不久，政府有关部门复请削减450人的供给，英宗遂下令，除大慈法王、西天佛子的供应如故外，其余藏僧遣还藏地。两次合计，共削减在京藏僧1100余人的供给，大多数藏僧减少或断绝了在京的生活经济來源，被遣返回藏地。
及宪宗继位，他特别信仰藏传佛教，番僧來京者越來越多。札巴坚参、札实巴、领占竹等因修藏传佛教密宗而受到宪宗皇帝的赏识，并封为法王、西天佛子等名号；被授予大国师、国师、禅师者更多。成化十七年（1481年）十二月封藏僧领占竺，赐号为“万行清修真如自在广善普慧弘度妙应掌教翊国正觉大济法王西天圆智大慈悲佛”；封藏僧札实巴，赐号为“清修正觉妙慈普济护国演教灌顶弘善西天佛子大国师”。还封藏僧锁南坚参为“静修弘善国师”，端竹巴失为“净慈普济国师”，都给予皇帝加盖大印的任命文书，给予优厚的物质待遇，饮食和使用的器物和王爷相同。每当法王等高僧出行，乘坐金轿，全副武装的卫士开路，即使是朝廷的达官显贵，也都让路，并行跪拜礼，藏僧坐收礼拜。
宪宗时，藏僧在北京开展法事活动频繁，经常把藏僧诏请皇宫内院诵经做法，诵经之声自晨至昏不绝于耳。因供养藏僧，每年开支巨大，虽然大臣们屡次提出异议，但宪宗保护藏僧利益，屡谏均不被采纳。
及孝宗继位，又一次削减在北京的番僧。1488年，宪宗时所封的大济法王领占竺也被降为国师，遣回四川的光相寺。其余宪宗年间所封的法王、西天佛子以下的高僧也都降职，令其回原籍，废除了宫廷中的佛事。
1493年，西天佛子善巴领占去世，孝宗为他在北京建造佛舍利塔。其后不久，诏请遣回四川的领占竺到北京，命他居住在大慈恩寺，弘传藏传佛教的秘密法。1500年，又封藏僧那卜坚参等三人为灌顶大国师。
1506年，武宗继位。礼部尚书张升向皇上禀告藏僧那卜坚参、班丹罗竹和他们的徒弟们在皇宫内院作法时，数次闯到禁入的乾清宫，应以法治罪，免去封给他们的大国师名号，追回赐给他们的玉印和皇上颁发给他们的文书及累年所得的赏赐，罢免后遣回原地。武宗将那卜坚参等六人降为禅师，并追回宪宗所赐玉带等物。然未过多久，武宗也崇奉藏传佛教，其信仰之深远远超过太祖至孝宗等前朝诸位皇帝。 武宗赐封法王名号的有那卜坚参、札巴藏卜、领占班丹等。封西天佛子的有那卜领占、绰即罗竹。又将遣归的藏僧领占竺任命为灌顶大国师。绰吉我些儿原是西藏大乘法王的徒弟，出任到明廷进贡的使官。他到北京以后，受到武宗的恩宠，被封为大德法王，和他的老师地位相等。1513年，武宗封领占班丹为大庆法王，同时赐“番行童度牒三千，听其权度”，这意味着领占班丹可以将三千名藏僧引入京城。
武宗大力崇奉藏传佛教，身体力行。他在宫廷禁地建造万寿寺，自称“大庆法王”，自己和宦官都穿僧衣和藏僧一起在宫廷内院作法诵经，有时长达三昼夜。武宗年间，宗喀巴创立的藏传佛教格鲁派（黄教）在藏区信众日广，连明廷任命的大宝法王和阐化王等，虽属不同教派，但都对格鲁派第二代传人，即二世达赖喇嘛根顿嘉穆措十分敬佩，自称弟子。 1515年，武宗派遣宦官司礼太监刘允为使臣，携带武宗赐给达赖喇嘛的金印、黄金供具，珍珠宝石镶嵌的幢幡等一应用品，赴藏迎请达赖喇嘛入京。武宗此举遭到朝臣的非议。大臣梁储、礼部尚书毛纪六、御使周伦等发表了对藏传佛教的看法，并断言大明各朝先祖虽然派使臣入藏，是因为大明江山初定，派使臣赴藏的目的是引导藏传佛教拥护朝廷，并借对各教派领袖的封赏，以稳定西藏的政局，并不是列祖列宗信仰藏传佛教。大明江山鼎成以后，均是各教派到京进贡，朝廷以礼相待给藏传佛教的领袖们和來京使臣们予以封赏，并未屈尊派使臣赴藏，标明明廷与西藏地方各教派明确的君臣关系。出使西藏，路途遥远，沿途盗匪刚刚平息，难保此行平安。武宗没有采纳众臣的意见。
刘允率将校十人、军士千人赴藏，不仅没有见到达赖，而且遭到抢掠，军士死亡过半，刘允只身一人亡命回京。此时武宗已死。
1522年，世宗继位。他对道教极为尊崇，对佛教竭力排斥，发布命令废除京城内的佛寺，并将宫中金、银、铜佛像毁尽，佛舍利被遗弃于大通桥下。藏传佛教法王以下的僧人都被排斥出京城，遣回原地。这使得藏传佛教僧人很少到北京，即使是原封的法王、辅教王所派来京迹贡的使臣，也极力控制其来京的人数。1537年，大乘法王和辅教王、阐教王来京进贡，使者达4000余人，世宗不仅减少了宫廷对贡使赏赐，而且处罚了监管不力，滥送贡使的四川三司官。并作出了简化封王手续，减少藏僧来京，充分发挥当地守臣的作用，择近封赐斋请、宣读敕谕的办法。并作出了所封赏的高僧不再向北京寺庙派遣番僧的决定。
明廷为表示对藏区的关怀，总以数倍于原物价值的礼品回赐给朝贡者。藏族首领留恋贡市之利，故朝贡人数逐年增加，有时一个法王使团多达数千人。1569年，穆宗沿袭世宗加强管制朝贡的办法，又命令阐化、阐教、辅教三王, 每三年到北京进贡一次。并明确规定各使团人数不能超过千人，只允许8人赴京，余则不得进城。且对使团人员的待遇作了全赏、半全赏、半减赏的划分。
1571年至1573年，明朝封的顺义王俺答汗请三世达赖喇嘛到青海仰华寺会见。会见时，赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”尊号。俺答汗死后, 三世达赖亲赴青城（今呼和浩特）致祭，主持法事，祈祷超度。并于此时致书明朝宰相张居正，表示要进京朝觐。张居正奏报明神宗。明神宗知道黄教在蒙古地区的广泛影响，封索南嘉措号“朵儿只唱”，意为“持金刚”。
1588年，明神宗派千人使团备厚礼迎请索南嘉措来北京弘法。但第三世达赖喇嘛索南嘉措于是年3月16日圆寂。
三世达赖索南嘉措圆寂时，只有48岁，但他弘传黄教在西藏、青海、蒙古地区的影响很大，百姓信教虔诚，王公贵族也以黄教宣传的教义行政，黄教迅速发展:，明朝対藏传佛教各派采取“多封众建”的政策，加强了当时明中央政权对西藏等地方的管理，有力地推动了藏传佛教在北京的发展。
三、清朝时期的藏传佛教 1637年、1639年皇太极先后两次写信，派专使赴藏迎请达赖喇嘛，信中公开宣称尊祟喇嘛教的政策。
1642年，达赖、班禅的使臣伊拉古克三呼图克图（呼图克图即活佛）到沈阳。皇太极给予了极为隆重的接待。
1643年，伊拉古克三回藏，皇太极派蒙古喇嘛作为自己的使者，随行至藏，再一次致书达赖、班禅等人，公开宣布尊崇喇嘛教的政策。
此外，皇太极在以军事手段统一蒙古各部的战争中，命令军队不许屯住庙中，违者治罪。以此安抚蒙古族，利于对蒙古各部的统一。他还在征服察哈尔后，让墨尔根喇嘛把元朝时铸的护法战神嘛哈噶拉千斤铜像移至沈阳新建的实胜寺，表示清统一内蒙古的胜利，使为数众多的寺庙和喇嘛树立了皇太极是喇嘛教保护者的形象。
皇太极往诏达赖喇嘛，推崇利用喇嘛教，奠定了清代利用喇嘛教的皋础。
1644年，清朝统一全国，建立起新的中央政权，黄教在北京获得重要的发展。
1648年、1650年、1651年，清顺治皇帝三次派遣喇嘛作为特使，往诏达赖喇嘛入京。顺治皇帝多次诏请达赖喇嘛的目的是请达赖帮助解决喀尔喀蒙古的归顺问题。1652年，五世达赖从西藏起程來北京，顺治帝给予热情的接待。册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领夭下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。从此历代达赖喇嘛的封号均由中央政权册封。在册封五世达赖喇嘛的同时，还封厄鲁特蒙古顾实汗为“遵行文义敏惹顾实汗”，并赐金册、金印，为清廷妥善解决喀尔喀蒙古问题奠定了基础。1655年，喀尔喀蒙古各部汗王与清政府和好 约誓，恢复向清中央政府进贡，顺利地解决了來自北部边疆的安全问题。
1662年，康熙继位。康熙皇帝对喇嘛教采取“分而治之”，即“众建以分其势”的政策。
1692年，康熙帝封一世哲卜尊丹巴呼图克图为大喇嘛，于喀尔喀地方立为库伦，广演黄教。
1705年，康熙帝封章嘉呼图克图为灌顶普善广慈大国师。赏金印重88两 8钱8分。
1713年，康熙帝到多伦视察时对章嘉说：“黄教之事，由藏向东，均归尔一人掌管。”使章嘉呼图克图成为内蒙古以南地区黄教事务领袖。
1713年，康熙帝封班禅呼图克图为班禅额尔德尼，如达赖喇嘛例，颁给金册、金印，注明扎什伦布各寺地方属班禅额尔德尼管理。对虔诚信教的并认真传播佛法的喇嘛要给予奖励，对那些违背佛法，反对朝廷，妨碍国家政令执行的喇嘛，要按国法治罪。因此，他在粉碎察哈尔叛乱时，将蛊惑骚乱的阿杂活佛军前正法。他还将勾结准噶儿蒙古预谋叛乱的第三世伊拉古克三呼图克图，在北京西黄寺当着宗室诸王、蒙古王公、文武百官和活佛喇嘛的面，剥下皇上对他的封赏，就地正法。
康熙帝制定了达赖、班禅、哲卜尊丹巴、章嘉四大呼图克图共掌黄教的方针，加强了清中央政权对藏传佛教的有效控制和管理。根据《理藩院则例》记载，康熙六十一年（1722年），康熙帝批复北京额定喇嘛，口札萨克达喇嘛以下，格思贵、班第以上，共938名，一年供银13175两。议准：“额给京城喇嘛钱粮，掌印札萨克大喇嘛月给折色银四两五钱三分五厘四毫三丝，乳牛三头，坐马四匹。副札萨克大喇嘛、札萨克大喇嘛、达喇嘛、副达喇嘛，各月给折色银四两二钱一分二厘二毫四丝，乳牛两头，坐马两匹。闲散喇嘛各月给钱粮二两，坐马一匹。以上各月给米七斗五升。其余格隆、格苏尔班第，月给折色银，自八钱六分五厘二毫七丝二忽及八钱九分九厘一毫六丝至一二两不等，月给米自三斗一升一合二勺五杪至七斗五升不等。每月应给折色银米由户部核给，小建扣除。牛一头，月给豆一升，谷草、羊草各一束。马一匹，豆二升，谷草、羊草各一朿，亦由户部发给。” 1734年，雍正皇帝封三世章嘉•若必多吉为“灌顶普善广慈大国师”，命令他住在北京嵩祝寺，领导北京和内蒙古的寺庙、青海西宁广慈寺等庙的僧众共同弘传佛法。（康熙年间二世章嘉阿旺洛桑却丹因调解外蒙古二部族争端有功，入京朝见，接受封赏，1714年示寂，1720年经御批，若必多吉为三世章嘉，时年4岁。1724年，三世章嘉・若必多吉奉旨进京，驻锡嵩祝寿。经常出入皇宫，与皇子弘历一起读书。）
三世章嘉•若必多吉相袭国师后，雍正皇帝立即令他陪同果毅亲王一起到青海，完成护送七世达赖喇嘛回西藏的任务。在护送七世达赖回藏期间，三世章嘉遍访青藏名山大庙，拜访著名僧人，赠送从北京带去的厚重礼品，不失时机地宣传被他冠以文殊菩萨化身的雍正皇帝爱护黄教的大恩大德。在护送七世达赖冋藏期间，三世章嘉十分尊重七世达赖喇嘛、五世班禅大师和达赖喇嘛的经师堪钦•多吉强，虚心求教，不耻下问，不以大国师自居，甘当七世达赖讲经的复诵师，并在众高僧面前说法辩经，使一些对三世章嘉的学识持怀疑态度的大学者也由衷叹服。三世章嘉以自己高尚的品行和佛学的造诣，受到七世达赖和五世班禅大师的常识。1735年10月15日,五世班禅额尔德尼在札什伦布寺为三世章嘉•若必多吉授大戒。当时五世班禅年逾古稀，对三世章嘉非常器重，深情相告：“以他（章嘉）精湛的才识和高尚的德行，在所在的地方，特别是在汉地为大皇帝的政教事务尽力，成为教法和众牛至高无上的怙主。
雍正皇帝命三世章嘉护送七世达赖回藏，入主布达拉宫，加强了清中央王朝与西藏的联系与往來，形成妥善的领导与被领导关系有着十分重要的意义，也使三世章嘉成为清廷处理喇嘛教事务的一位重要人物。
1735年，乾隆皇帝继位后，把先祖扶持和尊祟藏传佛教当成清王朝治国安邦的一项基本国策，并将这一国策概括为“兴黄教即所以安众蒙古，所系非小，故不可不保护之”。在执政60年的时间里，积极引导黄教与清王朝的统治相适应，保持了边疆的稳定，也推动了黄教在北京的发展。乾隆皇帝将驻京喇嘛事务的大印交给章嘉活佛。
1736年，封章嘉为从政教两方面指导北京喇嘛寺的掌印喇嘛。除章嘉国师外，尚有一批从西藏、青海、甘肃等地来京的著名活佛。从西藏来的活佛有济隆呼图克图、诺门罕呼图克图；从青海来的有敏珠尔呼图克图、阿嘉呼图克图、土观呼图克图、东科尔呼图克图；从甘肃來的有萨木察呼图克图。这些活佛在北京都建有自己的寺院或皇帝赏赐的佛仓，长期居京弘法，轮流出任喇嘛印务处的掌印喇嘛。经常出人宫廷完成帝、后的诞辰，忌辰等重大佛事活动外，还担任皇帝出巡时的随营佛事，因此他们熟悉国家的法律、法令和皇家的礼仪，成为在京听命于朝廷，赴藏能为皇上办事的，与臣属无异的干练办爭事人才。
1744年，乾隆皇帝命令三世章嘉呼图克图把先帝生前居住的宅邸改建成皇家寺庙雍和宫，承担培养喇嘛人才的使命。他亲口谕示西藏郡王和七世达赖喇嘛，将大利益释迦牟尼佛请到北京，他还要求七世达赖喇嘛向新建的雍和宫庙选派具有佛学造诣的高僧到雍和宫主持各教学扎仓的法事。七世达赖喇嘛遵旨从西藏三大寺和上下密院选派18名格西到雍和宫供职，自此雍和宫大喇嘛由达赖亲自选派成为定例。雍和宫集中了蒙古的49旗、喀尔喀七部等地500名年轻僧人学经，均由蒙古各旗按期选送优秀蒙古族青年；使雍和宫成为培养“尊国政、谙例律、知举止”喇嘛的大本营。
1746年2月，乾隆命章嘉国师在雍和宫创立祈愿法会，并亲临法会听章嘉国师讲经。祈愿法会的核心活动是北京民间传说的“打鬼”，藏语称其为“跳布扎”。自乾隆以后，雍和宫、嵩祝寺以及宫内都要举行这样的法会。
乾隆在京城众多喇嘛寺庙中，特建了一批满族人专修黄教的寺庙。在《章嘉国师若必多吉传》第十三章“在北京建寺立庙”中记：大皇帝询问章嘉国师: “我们满族人自博克多汗（皇太极）居住莫顿（盛京）的时期起，直到现在,虽然信奉佛教，却没有出家之习惯。如今想在京师西面的山脚下建立一座寺院,内设一所全部由新出家的满族僧人居住的扎仓，你看如何?”章嘉国师回答说:“博克多汗与格鲁派结成施主与上师的关系以后，在莫顿建有僧团和佛堂，后來迁都北京，历辈先帝和陛下都尊崇佛教，建立了寺院和身、语、意所依止处, 成立了僧伽，尽力推广佛教°当今又想创立前所未有之例规，建造佛寺，振兴佛教，自然是功德无量，圣恩浩荡。”于是按照皇帝的旨意，由国库拨款，修建了一座形式与雍和宫相仿的佛教大寺院，内有佛殿和僧舍。章嘉国师主持了盛大的开光仪式，并担任这些初出家的满族僧人的堪布，给他们传授居上戒和中间戒（即沙弥戒）。皇帝谕令：“在此寺聚诵时全部必须用满语诵经，因此所诵经典，务必译成满文。”章嘉国师翻译了各种仪轨和修法的书籍"并因为西藏诵经语调不适合用满语念诵，于是专门为满语诵经者制定了新的诵经语调。
经考证，首建的满族喇嘛寺院，即是乾隆十五年（1750年）左右建于香山脚下的宝谛寺。内务府奏销档中记录：“乾隆三十八年十二月初六日，奴才福隆安、英廉谨奏：为遵旨奏办事，查得宝谛寺于乾隆十五年十一月设立喇嘛二百名，于内府闲散内挑补、令其习学经卷。又于二十四年奉旨，大报恩延寿寺添喇嘛四十名。二十八年宝相寺添喇嘛六十名。今除大报恩延寿寺喇嘛四十名外，宝谛寺、宝相寺、常龄寺、方圆庙、梵香寺、实胜寺等六庙现分住喇嘛二百六十名，此内遵旨拨给新建正觉寺喇嘛四十名仍挑补四十名钦此。除应拨正觉寺之喇嘛四十名业已选熟于经艺者如数拨往外，其应补挑四十名喇嘛之缺，奴才等请交管理宝谛寺事务大臣四格和尔经额会同内务府大臣等照例于内府幼丁内挑补至六庙现有僧房尽可足用，仍令照常居住。”上述材料证明，宝谛、正觉、宝相、常龄、方圆、梵香、实胜、大报恩延寿诸寺均为满族喇嘛寺。
大报恩延寿寺建于1751年，是为庆祝皇太后六十大寿建在清漪园的，其余都在香山演武厅附近。《钦定日下旧闻考》记载了各寺概况：演武厅西南里许有梵香寺、长龄寺。梵香寺为新寺遗址，乾隆十四年改建。……长龄寺西南为宝谛寺。宝谛寺，乾隆十六年建，其制仿五台之菩萨顶。除香山一带的六座满族喇嘛寺院外，已知的满族喇嘛寺有东陵隆福寺、西陵永福寺、承德殊像寺等总计十二所。关于满族喇嘛寺的宗教活动，在《钦定总管内务府则例》和内务府奏销档、掌仪司各寺庙事宜条记等档案文献中均有记载。如：每年四月初八日除派宝谛寺学满洲经喇嘛五十四名在万寿山大报恩延寿寺唪无量寿佛经一日，每月朔望，清漪园大报恩延寿寺，诵经放“焰口”，为满足满族喇嘛念诵满文大藏经《甘珠尔》的需要，乾隆帝在西华门内专设清文经馆，由章嘉国师主持, 达天、莲筏诸僧人助之，另设满文替录、纂修若干人员，从1773年开始翻译, 每翻译一部分都呈御览，乾隆皇帝做精心的修改，至乾隆五十五年（1790年）才全部完成。
乾隆把译著满文《大藏经》视为与修订《四库全书》、武功一样重大之事。乾隆帝为初定准噶尔，宴赏厄鲁特四部首领，于1756年“依西藏三摩庙之式”建普宁寺；为纪念土尔扈特返回祖国，1772年仿布达拉宫建造普陀宗乘之庙；为迎请六世班禅来京朝觐祝寿，仿西藏札什伦布寺建须弥福寿寺, 在香山建昭庙，整修德寿寺、西黄寺，在雍和宫续建班禅楼、戒台楼，使藏传佛教在北京得到空前的大发展。自此，西藏僧侣都把清廷皇上神化为“文殊菩萨的化身”，尊之为“文殊师利大皇帝”，或冠以佛教治国的“法王”，在西藏主要大寺内供奉“万岁牌”。
根据《理藩院则例》，乾隆朝“则例”上有名的藏传佛教寺院共有33座，共额定喇嘛2196名。最多者为雍和宫504名，最少者为玛哈噶拉庙8名，其定额的喇嘛钱粮，均由国库支给。北京之喇嘛印务处制作明细表，报告理藩院。报告要求喇嘛印务处将各寺修改费，抚恤费，赏赐喇嘛的费用一并报理藩院。
自七世达赖喇嘛圆寂后，乾隆将转世灵童寻认过程中至其成年时，由清廷选定大呼图克图代行达赖职权立为定制。汉语俗称“摄政”。1777年，八世达赖降白嘉措的首任摄政第穆呼图克图圆寂。乾隆皇帝立即谕令雍和宫额尔德尼诺门汗阿旺楚尔提木（即阿旺楚臣）赴藏，担任八世达赖喇嘛的摄政。
阿旺楚臣，1721年生于甘南藏族自治州。6岁出家，1743年抵拉萨拜七世达赖格桑嘉措为师。1758年参加拉萨大法会举行的五部立宗大辩，取得格西学位, 入拉萨上密院经。300余名僧人的一致推举，他担任上密院领经者。1762年，摄政第穆活佛和驻藏大臣根据乾隆选一精通显密宗大学者进京的圣旨，选拔阿旺楚臣到北京。从1763年到1777年，阿旺楚臣在北京雍和宫担任堪布，很受乾隆赏识。1765年，乾隆恩赏其诺门汗名号（诺门汗意为大师），赐银印银册。1777年2月 28日，阿旺楚臣一行离开北京，7月5日抵达拉萨。阿旺楚臣到达拉萨四十天后, 举行了隆重的上任代理达赖摄政庆典。1778年2月，六世班禅提议阿旺楚臣担任八世达赖的主要经师。同年5月，经八世达赖提名，公众选举阿旺楚臣担任第六十一任甘丹池巴。阿旺楚臣勤于政事，善于协调前后藏的关系，使藏内各界人士对文殊师利大皇帝由衷敬佩，促使六世班禅大师于1780年赴京朝觐，祝贺乾隆皇帝七十寿辰。
1779年农历六月十七日，六世班禅自扎什伦布寺起程赴京，1780年农历七月十二日抵达承德。乾隆皇帝为迎请六世班禅，在承德为他专建须弥福寿寺，在北京香山修建昭庙，在北京南苑重修德寿寺，重修西黄寺为六世班禅下榻之所。乾隆皇帝在承德给予六世班禅隆重的礼遇，是因当时内外蒙古各部首领，新疆新归顺的“回部”，俄罗斯归來的土尔扈特部的首领均在承德，乾隆有意借六世班禅的影响，以巩固清朝对内外蒙古和新疆的统治。乾隆要与六世班禅大师研商册封八世达赖喇嘛之事，在西藏继续推行管理西藏事务的“政教合一”体制，适时册封掌握西藏政教大权的八世达赖喇嘛。六世班禅是八世达赖的师傅，所以乾隆皇帝亲口向六世班禅大师了解八世达赖经书学习的情况和政治表现，并征求大师对册封的原文稿的意见，利用六世班禅大师在蒙藏信众中的广泛影响，宣传乾隆皇帝“兴黄教既所以安众蒙古”的方略“。
1780年9月，六世班禅大师抵京，驻锡西黄寺的两个月中，为僧众授戒、灌顶、讲经、摸顶、主持法会20余次，接待僧俗信徒万余人次。据有关史料记载，他先后六次到皇家寺庙雍和宫，依次记录如下：九月十四日，班禅大师在皇六子陪伴下莅临雍和宫。大师到雍和宫后向大经堂上下的身、语、意三所依塔及皇帝寝室献供，为诸位僧人摸顶，传授《兜率上师瑜伽论》、《大慈悲经》、《三时怙主陀罗尼经》，并先后到雍和宫附近的和尚庙和北海白塔礼佛。九月二十八日，六世班禅在西黄寺大经堂接受了雍和宫僧人及班智达堪布桑杰欧色的献礼，并为一千多名僧人摸顶。应僧人要求，大师讲授了《上师供仪轨》、《兜率上师瑜伽论》、《三时怙主陀罗尼经》、《无量寿佛修念随许法》等经典，并向僧众赏赐护身符、佛像、法器、铃杵、红黄香料、有色氆氇等；十月十日，六世班禅大师为雍和宫等寺院的六十名僧人授近圆戒；十四日，为祝愿国泰民安、格鲁派教理长盛不衰，雍和宫、旃檀寺等北京28座寺院联合举行法会,大师向法会发放布施；二十一日，应雍和宫邀请，大师带领随从莅临雍和宫祈愿大法会，大师仔细瞻仰了寺内佛像、佛塔，并向佛像敬献了哈达、祭品，为新建的班禅楼、戒台楼诸佛开光，并在戒台为雍和宫17名僧人授出家戒，为19名僧人授沙弥戒。当日晚，又为78人授近圆戒。二十八日，应乾隆皇帝的邀请，六世班禅大师为其讲经说法，三世章嘉国师担任翻译，大师讲解了 “迅捷智慧六臂依怙随许法”，向皇帝敬献了佛像、哈达、印度火枪、宝剑等, 乾隆皇帝向大师赏赐了很多财物，作为对六世班禅大师的供养。是年十一月初二大师圆寂后，法体百日供养于西黄寺，不仅有乾隆帝、六皇子、亲王、大臣等社会上层人上频繁出入，并且章嘉国师、敏珠尔呼图克图等佛教界高僧大德陪伴其间。两年后，清廷为六世班禅大师建衣冠冢，并于西黄寺内建清净化城塔院。乾隆皇帝一直关注清净化城塔及塔院工程。乾隆四十六年（1781年）二月初九，乾隆皇帝御批了工程处所设计的石塔塔囊，四出轩座，八方须弥座及上凿佛像的样式，并规定了各处藏匣的大小。塔囊内藏览高一尺三寸，见方二尺，四出轩内藏匣高五寸六分，见方一尺一寸六分，八方须弥座内藏匣高五寸六分，见方一尺一寸六分。乾隆四十七年（1782年）六月初五，清廷指示工程处，须弥座等处已安置妥当，应行装藏，所有须弥座、蓑衣座、塔囊三处俱应装藏。九月二十四日，乾隆御批在新建清净化城塔装藏所用的藏匣外，配楠木匣一件，内装汉文经典并译添藏文经典，由章嘉呼图克图办理。
清净化城塔落成，乾隆帝亲自书写了《清净化城塔记》，石碑立于塔前左侧。清净化城塔是由五座汉白玉石塔组成，为印度式的佛塔结
构，塔基高3米，为八角须弥座，刻有各种图案。其主塔高16米，形制则为藏传佛教样式，其余四塔各高7米，塔身刻有佛像。
乾隆五十三年（ 1788年）、乾隆五十六年（1791年），廓尔喀两次派兵入侵西藏，侵占济咙、聂拉木、宗喀等三个宗。八世达赖得知此情况后，亲自主持西藏三大寺、上下密院的全体僧众在布达拉宫举行抵魔法会。驻藏大臣庆麟立即上奏朝廷。乾隆谕旨派兵并派员筹备粮草，尽力守御所有与廓尔喀接壤的地方，又派理藩院侍郎巴忠赴藏杳办。八世达赖为参战的将军摸顶、慰问，发放食物，又给全体军人发了护身结及大量的慰劳品，以示保护和支持。乾隆委托巴忠送给八世达赖御用珊瑚念珠。并宣谕“尔喇嘛不必张皇，奋力阐法为是，朕将拨大军与粮饷保护你”。 廓尔喀得知清兵到藏后，立即派沙玛尔巴來藏讲和，巴忠和鄂辉等违背乾隆“歼戮剿除”的意图，命瞩厦政府首席嚼伦等与廓尔喀人当面谈判，以求贿和。根据八世达赖的指示，西藏首席嚼伦丹增班觉坚决反对赔款贿和，巴忠、鄂辉、穆克登阿等与廓尔喀代表沙玛尔巴签订协议，同意由藏方赔银连利息四万五千四百两，廓尔喀退出宗喀、聂拉木、济咙三地，并谎奏将三地收复。八世达赖得知此情况后，明确提出，巴忠等人所办之爭甚错，坚决反对赔银。当廓尔喀人第二次入侵西藏时，二位驻藏大臣要求八世达赖移居热振寺暂避, 八世达赖喇嘛表达了抵抗廓尔喀的决心。
当乾隆派大学士一等嘉勇公福康安大将军从青海西宁进藏追剿廓尔喀入侵者时，八世达赖喇嘛帮助集办粮食、马匹、弹药，他一一接见到拉萨的士兵，仅一次就发放慰问银8000余两。战争取得胜利后，八世达赖坚决支持清中央政府《钦定藏内善后章程》和活佛转世金瓶掣签制度。1792年10月24日，福康安自前线返回途中，在扎布伦寺日光殿与七世班禅会晤。七世班禅法名丹白尼玛，生于1782年，经宗教仪轨确认后，清高宗批准为六世班禅转世。七世班禅对福康安驱除廓尔喀入侵者、收复后藏全部土地表示感谢。为恭请圣安，特行跪礼，敬递无量寿佛一尊，大哈达一方，恭祝万寿。七世班禅经历了两次廓尔喀战争和1841年反击英国唆使喀什米尔人和拉达克三千军队入侵阿里地区，在1700余里的保卫战中与军民共战斗，成功收复了阿里地区。他根据金瓶掣签制度，完成了九至十一世达赖的掣定。七世班禅一生经历了清高宗、清仁宗、清宣宗和清文宗四个皇帝的统治，和他共事的驻藏办班大臣前后有37人，帮办大臣有39人，凡是大事都通过驻藏大臣请示皇帝批准，历代皇帝和历任驻藏大臣都对他很信任。
清代，驻京喇嘛有严格的等级。位居最高者为掌印札萨克达喇嘛。依次为，副掌印札萨克达喇嘛、札萨克喇嘛、达喇嘛、副达喇嘛、苏拉喇嘛、德木齐、格思贵。徒众为格隆或班第。
乾隆五十一年（1786年），乾隆皇帝钦定驻京喇嘛班第。左翼头班章嘉呼图克图，二班敏珠尔呼图克图；右翼头班喝勒丹锡呼图呼图克图，二班济咙呼图克图。其地位均高于雍和宫总堪布和承德普宁寺总堪布。驻京喇嘛中，在册的活佛还有洞科尔呼图克图、果蟒呼图克图、那木喀呼图克图、萨木萨呼图克图、阿嘉呼图克图、土观呼图克图、诺门罕呼图克图。他们都是在各地区的大喇嘛，且能左右当地的政局，因此，清廷把他们请到北京，不仅给予崇高的政治待遇，而且给予优厚的物质待遇。待遇最高的章嘉国师，月赏银500两，更占有十余座大庙和大庙的香灯地，待遇高于亲王。其余大喇嘛，每月特赏白银150两至300两不等，再加封赏的寺庙、庙产、牧场，待遇之丰厚亦不亚于亲王。
嘉庆元年（1796年）以后，嘉庆皇帝对驻京大喇嘛职务做了调整，设札萨克喇嘛四名：雍和宫出一名，由西藏调京的呼图克图堪布充任，另外三名由蒙古达喇嘛、汉达喇嘛、未授职的呼图克图充任。由藏调京堪布，均按达喇嘛用。
道光元年（1821年）以后，道光年间在京任职的掌印喇嘛先后有：章嘉呼图克图、锡畤图呼图克图、瞩勒丹锡畤图呼图克图、敏珠尔呼图克图、那木喀呼图克图、阿嘉呼图克图。并对驻京喇嘛的待遇作了明确的规定。
驻京札萨克达喇嘛，随从噶布慧兰占巴二十人，格隆六人，班第六人。月给粮银十五两一钱二分二厘二丝二忽。米九石七斗五升，坐马四匹，乳牛三头，饲料三石三斗，草二百一十捆。
副札萨克达喇嘛，随从格隆五人，班第六人。月给粮银十三两八钱九分九厘六毫七丝二忽.米九石，坐马两匹，乳牛两头，饲料一石八斗，草一百二十捆。
札萨克喇嘛，随从格隆四人，班第六人。月给粮银十三两五毫一丝二忽。米八石二斗五升。
达喇嘛，随从格隆二人，班第六人。月给粮银十一两二钱二厘一毫九丝二忽。米六石七斗五升。
副达喇嘛，随从格隆两人，班第四人。月给粮银九两四钱七分一厘六毫四丝八忽。米五石二斗五升。
札萨克喇嘛、达喇嘛、副达喇嘛供给的马、牛、料、草均与副札萨克达喇嘛同。
苏拉喇嘛，随从班第二人。月给粮银三两七钱三分五毫四丝四忽。米两石二斗五升。坐马一匹，月给饲料六斗，草三十捆。
德木齐、格思贵，随从班第一人。月给粮银二两八钱六分五厘二毫七丝二忽。米一石五斗。
格隆月给粮银八钱九分九厘一毫六丝。
班第月给粮银八钱六分五厘二毫七丝二忽。
格隆和班第皆给米七斗五升。
此驻京喇嘛生活待遇的定制，一直保持到清朝末年。
道光以后诸帝都十分重视对章嘉国师的恩赏、培养和使用。1825年到 1840年，道光皇帝对四世章嘉五次封赏。1825年赏“喇嘛”二字狐皮帽, 500罗汉手珠；1828年赏银质镀金大国师印、金顶绿轿；1829年赏九龙褥; 1834年赏金制大国师印；1840年赏金顶黄轿。1842年，道光皇帝命令四世章嘉活佛赴藏主持第十一世达赖喇嘛坐床仪式。章嘉由北京出发，道光皇帝赏章嘉300两白银置办行装，并由章嘉国师将敕封十一世达赖的金册带往西藏。章嘉国师顺利地完成了十一世达赖坐床任务，并且向当地剿办森巴叛乱的官兵捐献了 500两盘费银。道光皇帝闻报后非常高兴，亲自写“福寿”二字并恩赏白玉如意、珊瑚素珠，庆祝四世章嘉六十大寿。四世章嘉也以81只白羊入贡谢恩。
四世章嘉于1846年圆寂。约于1851年在北京雍和宫经金瓶掣签认定洛桑图丹多吉为五世章嘉。咸丰皇帝立即让理藩院通告内外蒙古各旗五世章嘉掣定的消息，以安抚人心。1858年底，五世章嘉由甘肃到京晋谒咸丰皇帝。帝赐玉如意、黄褥、红珊瑚念珠、金碗，又赏法床和黄车，留京居住。咸丰帝希望五世章嘉努力学习经卷，学识广博；并表示以后一定供养五世章嘉。
1859年7月，五世章嘉到内蒙古。内蒙古49旗、外蒙古57旗的上层人士和当地的大喇嘛都齐聚多伦（呼和浩特），纷纷供奉珍品和财物，办法会。五世章嘉拜访了内蒙古、青海的大庙后，于翌年正月回到甘肃。
1862年3月13日，同治皇帝在京诏见五世章嘉。五世章嘉向同治皇帝进贡哈达和藏香同治皇帝赏给五世章嘉御用物品，并决定送五世章嘉赴西藏学习佛经。
1870年4月13日，五世章嘉奉帝命回京，同治皇帝在两天后诏见。五世章嘉贡大哈达一方、长寿佛一尊、衣九件、褥九条、藏香三种各九箱、青马九匹、黄马九匹、各色马九匹、陇松九株。同治皇帝命五世章嘉在北京任职，封大国师，赏金印，赐诰命蟒服，并希塑他到各地宣传黄教，普度众生，每年夏天到内蒙古、青海，十月以后在北京任职。
1871年4月6日，同治帝将内蒙古汇宗、善因二寺赐五世章嘉管理。五世章嘉上书朝廷谢恩。
光绪元年（1875年）11月9日，五世章嘉呼图克图在北京天宁寺圆寂。光绪皇帝命拨银1000两给前藏，500两给后藏，为五世章嘉诵经致祭。为表达光绪皇帝対五世章嘉的哀悼之情，他自己赏银500两诵经奠祭。
光绪十二年（1886年）底，只有9岁的六世章嘉奉旨晋京。光绪皇帝和慈禧太后在中正殿和颐心殿接见。皇帝和皇太后给六世章嘉丰厚的赏赐，并命他如前辈驻在北京，诚心诚意地帮助朝廷管理黄教，准于出行时乘黄轿。六世章嘉贡奉了氆氇8种，每种9件，共计81件；曼达等7种，每种9件，共计 63件，长寿佛一尊。
光绪十四年（1888年）七月，应内蒙古各寺庙高僧邀请，六世章嘉赴多伦恭办大喜法会。外蒙古哲布尊丹巴的代表和外蒙古57旗、内蒙古49旗的王公、贝子和各旗的呼图克图、大小旗主近3万余人参加法会，供奉金银、珠 宝、绸缎、驼马、牛羊等总值数十万金。是年九月初七日，六世章嘉在善因寺入寂。光绪皇帝对六世章嘉示寂，表示沉痛哀悼，特赐供佛像一尊、珊瑚念珠一挂、银曼达一座、大哈达一方、小哈达50条、各色藏香50朿、黄缎4匹、陀罗尼经被一、大号供香10朿，供于六世章嘉灵前。理藩院又按例拨银千两治丧。
七世章嘉洛桑贝丹丹贝准美，于光绪二十五年（1899年）晋谒光绪皇帝, 赏乘黄车，颁布金印，驻京供职，授札萨克达喇嘛。
清光绪二十六年（1900年），八国联军占领北京，弘仁寺被烧毁，北海的千佛殿被烧毁，殿中供奉的金佛被劫一空，雍和宫东书院被烧毁，白塔寺“几毁于兵焚，幸塔工坚固，得以无恙，然而历代供养之宝物与收藏之经卷, 已荡然无存矣”。
光绪三十年（1904年），光绪帝封七世章嘉为“灌顶普善广慈宏济光明昭因阐化综持黄教净觉辅教大国师”，管理内蒙古汇宗、善因二寺，北京嵩祝寺、法渊寺、智珠寺、法海寺，西宁廓隆寺、广济寺，山西五台山镇海寺、普乐寺等，发给金印一方。
四、民国时期的藏传佛教
1912年8月16日，章嘉呼图克图在北京拥护共和，拥护中华民国政府。并成功劝导内蒙古拥护中华民国。对此，中华民国大总统连发两道命令。10 月19日令，给章嘉呼图克图封“宏济光明大国师名号”。10月30日令，批准蒙藏局的呈请，给章嘉呼图克图年俸银一万元，并让蒙藏局正式行文告知北京喇嘛印务处。
民国二年（1913年）6月4日，中华民国大总统对赞助共和的商卓特巴札萨克达喇嘛巴彦济尔瞩勒给予奖励，到京接管弘仁寺事务。
民国七年（1918年）9月，达赖喇嘛决定恢复由西藏三大寺选派喇嘛到北京主持佛事、担任教学的历史惯例，选派色拉寺罗桑策殿等三位堪布，各带徒弟10名于1919年2月11日到达北京。经蒙藏院考核同意，罗桑策殿任雍和宫堪布札萨克（堪布即藏传佛教对寺院的主持称谓）、罗桑巴桑任五台山堪布札萨克、罗桑仁增任承德普陀宗乘庙堪布。民国政府对来北京的大喇嘛给予格外优厚的待遇，蒙藏院也从此开通了与达赖喇嘛联络的渠道。达赖喇嘛为了加强驻京堪布的工作，亲自委派同西藏政界显赫人物察绒噶伦有切关系的僧官贡觉仲尼來京接替雍和宫堪布职务。1924年1月13日，贡觉仲尼到北京，16日正式呈文蒙藏院，申明奉派缘由、随员数额、到京日期，并附个人简历一份，“伏乞鉴核”。蒙藏院经核定后，同意由贡觉仲尼入雍和宫补缺，继任西藏驻雍和宫主持堪布。按惯例由蒙藏院核给贡觉仲尼和随行人员10人钱粮，并由雍和宫安置住房，后又按前例补给盘川费1000元大洋, 以示体恤。民国十三年（1924年）9月。西藏来京的贡觉仲尼等为《中华民国临时约法》规定的“满、蒙、回、藏各族的待遇条件，永不变更其效力”是否继续有效问题，联名上书。临时执政段祺瑞指令蒙藏院转告驻京堪布和蒙古王公，已经颁布的条款之效力是确定的，没有疑虑的，有关部门要按此执行。
九世班禅于民国十三年（1924年）12月29日发表了呼吁停止内战、团结救国的通电后，于1925年2月2日，班禅一行由路局特备专车从太原赴北京。抵北京时，段祺瑞的执政代表、蒙藏院官员、雍和宫喇嘛等各界数万人欢迎。班禅一行住于中南海瀛台行辕。次日，谒见临时执政段祺瑞。班禅报告藏务及东來使命，段祺瑞答以“一俟国内安定，藏事当可迎刃而解”等语。班禅來京后，来京朝拜班禅的蒙古族有数万人，给大师以丰盛的供养。1925年8 月1日，段祺瑞命内务总长龚心湛、蒙藏院总裁贡桑诺尔布为册封正、副使, 持金册、金印赴瀛台颁给班禅“宣诚济世”的封号。临时执政府批准班禅在北京福佑寺设立驻京办班处。
北伐军进驻北京，蒋介石于1928年到北京期间参观了雍和宫之后，十三世达赖主动让驻京的雍和宫堪布贡觉仲尼到南京见蒋介石，表示达赖诚心内向，不亲英人，不背中央，愿迎班禅回藏。贡觉仲尼为常驻南京代表，他于1930年9月带冋蒋介石给达赖的信。
1932年10月，九世班禅应段祺瑞之请，到达北京。由段祺瑞、吴佩孚、朱庆澜等人为施主，于10月22日在故宫太和殿举行了时轮金刚法会。参加法会的各族群众十万人。雍和宫被指定为大法会事务处。
1932年11月1日，中华民国政府蒙藏委员会在雍和宫内成立了 “北平喇嘛寺庙整理委员会”。它的职能是按照蒙藏委员会蒙古喇嘛寺庙监督条例，整理前京城喇嘛印务处所辖之各寺庙，修葺妙应、护国、普度三大道场。掌办阐扬喇嘛教义，整饬喇嘛教规，修缮喇嘛寺庙，保管喇嘛田产，筹划喇嘛生计, 领发喇嘛钱粮及调补喇嘛职缺等各班。维持对喇嘛生活上的供给，但标准降低。民国初年至七七爭变时段，袁世凯时每人每月只给银洋四至五元，口粮供应一律取消。到国民党时，每人每月只给法币一元。北平沦陷后，日伪政权对喇嘛教仍采取维护的办法，每人每月津贴为联币一至二元。除此而外，还有无代价与有代价配给。对雍和宫庙的喇嘛采取无代价配给。有职务喇嘛每月供白面一袋，无职务喇嘛每人每月供白面半袋。对其他寺庙采取有代价配给白面十斤、二十斤不等。抗战胜利后，国民党再次统治北平，喇嘛生活更加贫困，每人每月只给不断贬值的金圆券一二千元，有的只给150斤小米。
西方势力入侵，加之军阀混战，国家动荡，民不聊生，寺庙失去财源，陷入生存危机:：当时很多寺庙为了生计或出租房屋，或开办停灵暂曆业务。白塔寺于民国二年（1913年），由管事喇嘛向蒙藏爭务局主动要求举办庙会，“招商收租，以资修葺”。蒙藏事务局就此请求，作出了明确的批示：“具呈人白塔寺等管事喇嘛阿旺盘望批据呈已悉。该喇嘛以殿宇待修，拟仿照隆福、隆善两寺办法，每月逢五、六两日招商收租，积有成数，即作为修葺之费，所请尚属可行，应即照准。仰仍呈报警察总厅，候批遵行。”警察厅批准后，白塔寺又在《京话日报》等登报招商。盛极于元、明、清三朝的白塔寺、隆福寺、护国寺的袅袅法音被京味叫卖所取代，成为北京民俗文化的聚集地。
抗日战争时期，侵华日军又将白塔寺七佛殿内金柱锯断，当作马槽使用，寺院屋舍坍塌，野草丛生。当年达赖和班禅住过的西黄寺，也变成侵华日军和军阀的兵营，其破坏状况惨不忍睹。还有些历史悠久的寺庙，由于年久失修坍塌倒毁。据1946年的一份档案记载：“查慈佑寺庙址在北平西北部挂甲屯南角地方，原有殿宇宫门十七间，全已坍塌倒毁，僧舍十三间亦残毁过半，此外尚有少数供器而已。同福寺庙址在北平阜成门内宫门口玉带胡同二号，该寺有殿宇宫门共九间坍毁，仅存木柱，僧舍亦只余三间，佛像尚存三尊，供器全无。此二寺规模狭小，实无修复之必要，均应永久裁废，并归妙应寺内。”所谓并归，不过是将两寺的主要人员安置在妙应寺，一位是在同福寺当了 16年 札萨克喇嘛并兼管妙应寺，当年92岁的河北易县人拉喜丹巴；一位是在慈佑寺当了 52年格斯贵，当年82岁的河北延庆人巴丹；另一位是在慈佑寺当了 10年文子，当了 19年格斯贵的，当年53岁的延庆县人双喜。似此“裁废”的，还有弘仁寺、功德寺、新正觉寺、圣化寺、正觉寺、慧照寺、成化寺等, 均无庙无僧。
北平解放前夕，国民党军队在西黄寺清静化城塔院内存放军火。出于失火引发火药爆炸，致使塔后的二层楼房被烧毁。这座楼房是规模很宏伟的藏式罩楼，相传1908年十三世达赖來京时曾在此办公，西黄寺只余下一座清净化城塔，塔院东边的达赖庙殿宇倾颓，堆满散乱的砖石和破烂的木料，僧人或移住他寺，或逃亡他乡。
五、新中国成立后的藏传佛教
1949年9月，中国人民政治协商会议第一届全体会议在北平召开。大会通过了起临时宪法作用的《共同纲领》，实施“宗教信仰自由政策”。并规定:“各少数民族均有发展其语言文字，保持或改革其风俗习惯及宗教信仰的自由……”
新政权在执行宗教信仰口由政策的同时，对宗教职业者采取团结、教育、改造方针。北京市人民政府宗教事务处，在爱国爱教拥护新民主主义制度中进行废除喇嘛教封建残余势力的教育；内务部于1950年4月24日内社字第213 号训令明确指出：“北京喇嘛寺庙整理委员会为圧迫蒙藏少数民族之政教统治机构，在人民政府成立之后，该会的统治特权必须取消。”故北京市政府诏令取消该委员会，实现人民当家做主。
1950年6月15日，北京市喇嘛代表大会召开，一致通过成立北京市喇嘛庙管理委员会，负责管理全市的喇嘛寺庙。会议选举雍和宫老喇嘛伊什噶瓦为管委会主任。
1950年6月，中央人民政府委员会第八次会议，通过了《中华人民共和国上地改革法》，其中规定：征收祠堂、庙宇、寺院、教堂、学校和团体在农村中的土地及其他公地。北京的喇嘛庙，有的是皇家庙，有的是敕建庙，都有皇家封赏的香灯地，每年寺庙都要从香灯地收取地租。如雍和宫的香灯地遍及北京、天津周边29县的400公顷上地，每年收租8000两白银。经过学习土地法，无条件地交出香灯地，支持土地改革:：在土改政策的学习中，北京喇嘛教界涌现出一批积极分子，雍和宫庙青年喇嘛尼吗等三人于1950年5月荣幸参加了中央土改团，到华东地区参加土地改革运动。
1950年7月，国家拨款4亿元（旧币）维修雍和宫天王殿。
1951年4月22日，由十四世达赖喇嘛任命以阿沛・阿旺晋美为团长的西藏和谈代表团到北京，即与李维汉为团长的中央人民政府代表团开始进行和平解放西藏的谈判。这时，寄居青海塔尔寺的十世班禅及堪布会议厅的主要官员，为了向中央提出他们的要求，亦于1951年4月27日到达北京，受到中央人民政府的热烈欢迎。班禅行辕设在北京西郊的畅观楼。5月17日，北京市各寺庙喇嘛160多人在雍和宫参拜十世班禅大师，大师为喇嘛和前來参拜的蒙藏信众摸顶。中央人民政府的代表团与西藏地方政府代表团很快在一切重大问题上达成了协议，如西藏回到祖国大家庭中来，协助人民解放军进驻西藏，西藏人民有实行区域自治的权利，西藏现行的制度不变，各级官员照常供职，实行宗教信仰自由，保护喇嘛寺庙，有关西藏的各项改革事宜，中央不加强迫,西藏地方政府应自动进行改革等等。5月23日，在中南海勤政殿举行了《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》签字仪式。由副总理陈云主持，参加仪式的有董必武、郭沫若、黄炎培、陈叔通、彭真、马叙伦、章伯钧、谭平山、张奚若、许德瑜、兰公武、张志让、龙云、沈雁冰、乌兰夫、傅作义、李书城、李四光、叶季壮、朱学范、刘格平、贺诚、赛福鼎等。班禅
会议厅的代表拉敏・益喜楚臣、计晋美、纳旺金巴也参加了签字仪式。签字毕，李维汉和阿沛・阿旺晋美先后致词，然后朱德副主席讲话。
5月24日晚上，毛主席举行了庆祝西藏和平解放协议签订的盛大宴会。班禅额尔德尼・确吉坚赞、阿沛・阿旺晋美和首都各界180余人出席了宴会。毛主席在宴会上发表了重要讲话。他说：“几百年来，中国各民族之间是不团结的，特别是汉族与西藏民族之间是不团结的，西藏民族内部也不团结。这是反动的清朝政府和蒋介石政府统治的结果，也是帝国主义挑拨离间的结果。现在达赖喇嘛领导的力量与班禅额尔德尼所领导的力量与中央人民政府之间，都团结起來了。这是中国人民打倒了帝国主义及国内反动统治之后才达到的。这种团结是兄弟般的团结，不是一方面圧迫另一方面。这种团结是各方面共同努力的结果。今后，在这一团结基础上，我们各民族之间，将在各方面，将在政治、经济、文化等一切方面，得到发展和进步。”
西藏和平解放协议在京签字之后，北京各寺庙的喇嘛们纷纷庆祝西藏和平解放，并于5月25日积极参加保卫世界和平，反对战争签名活动。
1951年10月24日,达赖喇嘛致电毛主席。电文中说：“已于1951年5月23日签订了关于和平解放西藏办法的协议。西藏地方政府及藏族僧俗人民一致拥护，并在毛主席及中央人民政府领导下，积极协助人民解放军迹藏部队，巩固国防，驱除帝国主义势力出西藏，保卫祖国领土主权的统一。谨电奉闻。”两天以后，毛主席复电达赖，全文如下：
达赖喇嘛先生：
你于1951年10月24日的来电，巳经收到了。我感谢你对实行和平解放西藏协议的努力，并致衷心的祝贺！
毛泽东
一九五一年十月二十六日
1951年12月18日，中共中央西北局书记、西北军政委员会副主席习仲勋代表毛主席、中央人民政府，专程到西宁欢送班禅额尔德尼•确吉坚赞及其随行官员启程返藏。达赖喇嘛致电班禅额尔德尼表示欢迎，班禅额尔德尼复电致谢。1952年4月12日，班禅一行人员安抵拉萨，翌日会见了达赖喇嘛，恢复了双方的友好关系。同年5月，班禅额尔德尼回到原驻锡地日喀则扎什伦布寺。1952年5月，国务院总理周恩来亲自到雍和宫视察。同年9月，国家拨款84亿元（旧币）修缮雍和宫，并拨专款対西黄寺进行了大规模的修缮，在清净化城塔后被烧毁的楼房台基上复建了一排平房。
1954年2月，雍和宫重修工程竣工。免费对外开放三天，共接待国内外宾客三万余人。
1954年4月，毛泽东、刘少奇、朱德先后分别到雍和宫视察。
1954年9月，应中央人民政府邀请，第十四世达赖喇嘛和第十世班禅大师到北京参加第一届全国人民代表大会。雍和宫和西黄寺同时迎接达赖和班禅。
十四世达赖喇嘛和十世班禅额尔德尼于9月12日到达北京。蒙藏信徒和各地的喇嘛僧众携家带口到北京朝拜活佛。9月19 日,达赖喇嘛到雍和宫拜佛，并在法轮殿为喇嘛、信众讲经“摸顶”。9月20日,班禅额尔德尼到雍和宫拜佛，并在法轮殿率众诵经说法。两天来，雍和宫共接待信众三万余人。在第一届全国人民代表大会召开期间，十四世达赖喇嘛丹增嘉措和十世班禅额尔德尼•确吉坚赞一起来到西黄寺，朝拜了六世班禅大师的衣冠冢一清净化城塔。在这次全国人民代表大会上，达赖喇嘛丹增嘉措当选为全国人民代表大会常务委员会副委员长，班禅额尔德尼•确吉坚赞当选为全国人民代表大会常务委员会委员、中国人民政治协商会议全国委员会副主席。
北京市人民政府十分重视保障北京市宗教界的民主权利，1954年8月选举雍和宫喇嘛伊什喝瓦作为宗教界代表，出席北京市第一届人民代表大会; 1955年4月雍和宫喇嘛罗布桑•希拉布当选为北京市第一届市政协委员。
1956年2月，经市民政局批准，雍和宫从内蒙古招收青年喇嘛24名，当时喇嘛总数共90名。同时，中国佛教协会派内蒙古噶拉藏活佛任雍和宫主持。5月8日，雍和宫邀请十世班禅大师前來讲经。噶拉藏主持和市佛协副会长巨赞、周叔迦等到大师住所迎请大师。大师到达雍和宫后，雍和宫钟鼓齐鸣，佛乐高奏，噶拉藏主持向大师敬献了哈达。然后在噶拉藏活佛和提炉喇嘛、佛乐队及寺众弟子的护持下，大师进入法轮殿礼佛，向宗喀巴大师和释迦牟尼佛像敬献了哈达。礼佛后，大师登上讲经高座，众僧分六排围成半圆形列座听经, 高级佛学院法尊副院长担任翻译。讲经后，噶拉藏主持向大师献礼，献礼后， 僧人、信众一千多人参拜大师，大师为其模顶。
1957年1月，北京市第二届人民代表大会召开。雍和宫喇嘛伊什噶瓦当选为宗教界代表出席了会议。3月，雍和宫举办了传统的宗教活动“跳布扎”。两天内共接待国内外信众和参观者三万多人。
3月26 日,雍和宫喇嘛伊什噶瓦在中国佛教协会第二次代表大会上，当选为中国佛教协会理事。
1958年8月，雍和宫庙管会决定废除喇嘛沿袭穿清朝袍褂、戴红顶子的制度，将上殿敲钟改为吹海螺。9月，北京喇嘛寺庙实行统一管理，雍和宫喇嘛出租的房屋全部交喇嘛寺庙管理委员会，喇嘛搬到庙院内居住。10月1日，北京市喇嘛庙管理委员会改为北京市喇嘛寺庙管理组。雍和宫喇嘛的收入改为工资制，由国家财政拨款，以保证喇嘛的生活。
1959年9月，北京市第二届政协会议召开，雍和宫喇嘛罗布桑•希拉布连任政协委员。1962年6月，北京市召开第四届人民代表大会。资福院喇嘛金巴江措作为宗教界代表出席会议。1961年3月4日，国务院决定，雍和宫列为第一批国家重点文物保护单位。
1962年2月12日，中国佛协第三次代表大会在北京召开。雍和宫主持噶拉藏当选为副会长。12月，雍和宫喇嘛罗布桑•希拉布作为宗教界代表出席北京市第三届政协会议，连任第三届市政协委员。
1963年3月，国务院公布“妙应寺白塔”为全国第一批重点文物保护单位。
1964年，国家出资维修妙应寺白塔塔身。
1964年9月，资福院喇嘛金巴江措作为宗教界代表出席北京市第五届人民代表大会。1965年9月，雍和宫喇嘛罗布桑•希拉布出席了北京市第四届政协会议，并再次当选为市政协委员。
1967年1月9日，“文化大革命”时期造反派组织“红卫团” 300多人闯进雍和宫。为保护国家重点文物保护单位，周恩来总理派韩念龙到雍和宫，指令“红卫团”要保护好雍和宫，一砖一瓦不能动。
1966年至1976年，“文化大革命”期间，除雍和宫外，其他寺庙均受到不同程度的冲击。对此，周恩來总理在1972年就曾作出批示：“同意修复广济寺，重修尼泊尔工程师为我建筑的西城白塔寺。”
1974年8月14日，为雍和宫高全寿等17名喇嘛落实宗教政策，退还“文化大革命”中杳抄的财物。同月，经北京市“革命委员会”批准，成立雍和宫管理处。
1978年中共十一届三中全会“驳乱反正”，纠正“文化大革命”的错误, 党的民族宗教政策得以恢复。
1979年，国家给雍和宫拨款95万元，地铁车站给雍和宫赔偿27万元, 雍和宫自筹资金40万元，共计162万元，对雍和宫进行大规模修缮。与此同时，高全寿喇嘛动员已改行从事其他职业的老喇嘛重返雍和宫。他又亲赴内蒙古各旗招收新喇嘛举办经学班，培养青年喇嘛骨干。1979年8月21日，北京市革命委员会宣布，西黄寺为北京市重点文物保护单位。1980年，北京市人民政府对西黄寺清净化城塔院进行了全面的修葺。
1980年10月12日，雍和宫举行了宗喀巴涅槃日大法会，雍和宫的宗教活动开始恢复。
1981年4月7日上午，全国人大常委会副委员长、中国佛教协会名誉主席班禅额尔德尼•确吉坚赞应邀到雍和宫主持大法会。他在法事活动后勉励年轻僧人：“你们今后要更好地管理这座寺庙，更好地致力于佛教班业，以大悲入世，忘我利生的大无畏精神，为报国土恩，报众生恩，为祖国的富强、佛教的兴盛、人类的解放和世界的和平，多做些实际的有益的工作。”大师非常关心培养年轻僧人的工作。他提出：“对喇嘛的教育也应改革：喇嘛不但要学习好宗教知识、经文，还要学习现代化知识。要让他们遵守教规戒律，做到庙要像庙，僧要像僧，一定要培养好年轻喇嘛。” 5月，经北京市人民政府批准, 雍和宫经学班正式成立。首期学员由新招來的26名喇嘛组成，学制两年，结业后在本庙从事宗教职业。5月8日，雍和宫举办隆重的千供法会，纪念释迦牟尼成道日。二百名居士坐殿内听经，慕名而来参加法会的僧众近两万人。十世班禅大师、中国佛协会长赵朴初、北京市佛协会长正果法师也参加了法会。班禅大师对雍和宫大喇嘛说：“你们要培养有知识的宗教人员。我们的宗教人员要爱国爱教，首先是爱国。”
1985年，高全寿代主持被选为北京市人大代表。
1987年，在十世班禅大师的倡议下，在中国共产党中央的直接关怀下，西黄寺建成中国藏语系高级佛学院。
1988年2月，高全寿主持、嘉木样・图布丹副主持升座，恢复中断三十年的大愿祈祷法会。大愿祈祷法会，又称善愿日，传大召，藏语称：曼兰钦摩，是藏传佛教格鲁派寺院的重要节庆法事。是宗喀巴大师为纪念释迦牟尼纯正教法，在拉萨大昭寺首先举行的大愿祈祷法会。雍和宫改建成皇家寺庙后，每年正月二十三至二月初一，都举办大愿祈祷法会。大愿祈祷法会分诵经和跳金刚驱魔神舞两部分。
法会主要活动是诵经，自第七日跳“金刚驱魔神舞”。跳神舞时，要通过诵经加持，参加法会的众僧即为护法，以驱除邪恶，祈求安详。第八日“绕寺”日。
大愿祈祷法会上诵的经文主要是：《善罗母》、《释迦牟尼佛赞》、《行愿品》、《圣慈氏愿王》、《初中后善愿》、《献浴》、《智惹法王》、《正道启门品》、《回向发愿品》、《忏悔文》、《宗喀巴大师赞》、《圣教弘法》等。
跳“金刚驱魔神舞”在雍和宫雍和门殿院举行。雍和门殿前搭建约300
平方米的舞台，台上面铺红色地毯。舞台天幕的位置悬挂每幅高4米的吉祥天母、永保护法和地狱主护法唐卡。舞台前方，放着一个用高粱秆做架、红纸裱糊的三角架，架顶有骷髅模型，三侧有风、火图案装饰。此架名叫巴苓，藏语称“朵玛”。朵玛意为将布满大地的怨魔的血肉骨骼等堆积像须弥山。通过经师诵朵玛咒加持，将其献于佛、菩萨，故此称为“朵玛供”。
身着盔甲的四大天王在铿锵鼓乐声中出场，立于舞台四隅。布袋和尚和六名童子走到台前坐定，名为六子戏弥勒，作为舞的序幕。八场金刚驱魔舞如序进行：
第一场，绿度母。舞者为眉清目秀之一人舞。头戴大遮檐帽，帽顶插五根雉鸡翎，身着绿缎饰金绣花袍和披肩，足穿花缎鞋，右手持盛满甘露水的小铜碗，左手持鲜花，作敬献于佛、菩萨状，祈求佛、菩萨度化众生，使众生从妄念、偏执中得到解脱，得到福乐吉祥。
第二场，吉祥天母。舞者七人，头戴面具，上饰五觸髅冠，赤发上冲，身穿绣花缎袍，五色花缎披肩，手执金刚短杖。以大张大合的舞蹈动作，拙朴刚健的舞姿，展现其到人间降妖除祟的威力。
第三场，永保护法。舞者五人，头戴青面三目面具，张口卷舌，身着各色绣花缎袍，披绣有如意云头饰纹披肩，右手执绳，左手持棒，意为秉佛祖之意，用绳朿缚妖魔，用棒镇压邪恶。
第四场，阿杂日。舞者四人，头戴墨绿色或黄色面具，上为螺旋形，身着红色襟衣，下着彩条纹筒裙，腰系彩带，右手执彩棒。舞者动作轻松自如，寓意來藏弘法禅师和高僧，以佛教的义理度化众生，以智慧护持佛法。
第五场，跳白鬼。舞者四人，头戴觸髅面具，身着白色短衣、缎裤，腰系红色绸腰带，裤筒上绣红色火焰纹，脚穿白绣花鞋，手执黑白相间的木棒。木棒称为“拘牌”，黑色表示罪恶，白色表示德善，他们要将每一个人在世上的行为都记在拘牌上。他们动作的链条是寻找、辨认，节奏舒缓，动作审慎，充满自信而不张扬，以求将魔鬼辨认出来，把善恶准确地记在拘牌上，一旦寿终，即由白鬼领见阎君。
第六场，地狱主。舞者五人，头戴牛头造型面具，上饰五骷髅冠，身穿黑、蓝两色绣花缎袍、披肩，胸前挂有骨制慶珞，足着青绒薄底靴，左手执四绢索，右手执棒，形象威风凛凛，动作大张大合，铿锵有力。
第七场，尸陀林。藏传佛教将尸陀林作为天葬场的守护神。舞者四人，头戴觸髅形面具，上有觸髅冠，耳后有五彩冠翘，身着白色紧身小袄，上绣红条纹饰、红兜肚，下身着绣花红裙，裤、裙、手套红白相间，胸前佩有璎珞。舞者动作机敏轻盈，神态快活，仿若飞舞天仙。意为在众护法、菩萨的帮助下抓住妖魔。
第八场，牛、鹿舞。舞者二人，头分别戴牛头和鹿头面具，身分别着天蓝和黄绣花缎袍、五色缎披肩，胸前挂骨制璎珞，足穿厚底青缎靴。他们是地狱主的侍从，为驱除人间一切魔障和烦恼而尽兴狂舞，动作舒展骁刃，边持刀砍象征邪恶的骷髅面目之人，边作抛扬姿态，意即制服魔怪，将其尸体抛洒净尽。
舞毕，开始送祟。走在最前面的是身着阿杂日舞服装的僧人抬着两只大长号，边走边吹，紧随其后的是两名僧人抬着纸糊、面插金箭和面塑骷髅模型的巴苓三角架。依次是跳金刚神舞的僧人和乐队，再后是全寺僧人，信众紧随僧人，在鼓乐声中走出昭泰门，经辇道到牌楼院。寺内主持率众诵经。诵经毕，主持将巴苓尖端朝外掷于点燃的干柴烈火中，意为恶魔被歼灭，天下太平。
送祟僧众，随着诵经的喇嘛，重回跳金刚驱魔神舞的场地。僧人在代表佛的整个世界的曼达前，对着盛满各种供果的铜盘涌经，然后将这胜利之果抛向信众。
二月初一清晨，雍和宫大愿祈祷法会绕寺活动开始。手举幡幢和提炉的仪仗队僧人为前导，接着是抬长筒大铜号和金顶黄缎轿的僧人，按传统轿上供未來佛弥勒。绕寺的僧人组成浩荡队伍，在时轮殿、万福阁、药师殿、夭王殿等门前，围着象征佛的世界的曼达前诵经，每到一地，身着阿杂日舞服的四名僧人都要舞蹈一次。至雍和门殿院，金刚驱魔神舞再依次出场重舞。舞毕，僧人们返冋法轮殿诵经，并迎请主持至法座率众齐诵《大愿法会经》。至此，持续八天的大愿祈祷法会圆满结朿。
1989年1月28日，十世班禅突发急性心肌梗塞逝世。中国佛教协会和中国藏语系高级佛学院、北京市佛教协会于2月1日至3日在北京广济寺和雍和宫分别举行十世班禅大师示寂回向法会三夭。
1992年12月7日，雍和宫主持高全寿、副主持嘉木样・图布丹被选为市佛协副会长。次年4月，雍和宫庙务委员会换届选举，民主选举产生以嘉木样•图布丹为主任的新一届庙务委员会嘉木样・图布丹由副主持升任雍和宫主持。
10月14日上午，雍和宫举行隆重的“弥勒大佛开光庆典”法会。庆典仪式由雍和宫主持嘉木样•图布丹主持。全国政拣副主席、中国佛教协会会长赵朴初、中国佛教协会副会长嘉木样・洛桑久美、图布丹却吉尼玛和贡唐仓•丹贝旺旭等为大佛剪彩；中国佛教协会副会长乌兰、波米•强巴洛珠和阿嘉三位活佛为大佛揭幕。会上，中国佛教协会会长赵朴初、国务院宗教局副局长赤耐、北京市副市长何鲁丽讲了话。他们祝贺弥勒大佛开光庆典，祝贺沧桑古佛今日重光。出席庆典仪式的有：全国人大常委会副委员长布赫、全国政协副主席阿沛•阿旺晋美，以及国家有关部门和北京市领导。北京市天主教、基督教、伊斯兰教、道教等组织的负责人，参加全国第四届佛代会的代表和部分海内外宗教界人士、刖友近6000人。
弥勒大佛修缮工程从1990年7月动工，历时三年多，共用资金53万元。
1994年7月，经批准雍和宫胡雪峰任副主持。8月，结合中央第三次西藏会议精神，雍和宫组成赴藏学习参观访问团一行九人，首次赴西藏进行考察。考察期间，受到西藏自治区常务副书记热地、政府副主席吉普、人大副主任郑等领导的接见，考察团还为西藏希望工程捐款20000元。9月29日上午9时，藏传佛教噶玛噶举派（白教）十七世噶玛巴活佛在国务院宗教局副局长赤耐的陪同下到雍和宫参观礼佛。10月1日至8日，雍和宫举办宫改庙250周年纪念活动，活动内容有：举办宗教坛城法会、喇嘛们迹行“跳布扎”表演、邀请辽宁省阜新县文工团表演查玛舞、召开学术研讨会等。邀请41位藏学专家、学者，通过对历史史实的充分论证，阐明雍和宫在历史上的地位和作用。
11月9日，由市文物局和市文物鉴定组组织的文物鉴定小组，经过半个多月的工作，完成了对雍和宫佛像的鉴定评级工作，评出了唐、宋、元、明、清五代佛像一级至三级文物共1400多件，一般文物佛像近2000尊，其他文物25件。 1995年6月28日，雍和宫新僧舍落成，举行隆重的庆典。副市长何魯丽代表市委、市政府出席僧舍落成庆典，祝贺喇嘛住现代化新居，做跨世纪僧人。新僧舍建筑面积共3000平方米，共有房间74套，102间。
1995年11月29日，雍和宫主持嘉木样・图布丹应邀赴西藏，在拉萨大昭寺参加第十世班禅转世灵童金瓶掣签仪式。北京雍和宫僧众得悉坚赞诺布继任十一世班禅额尔德尼后，以北京雍和宫的名义向扎什伦布寺和十一世班禅发去祝贺电，祝贺十世班禅转世成功，祝贺十一世班禅发扬十世班禅大师爱国爱教的传统，弘扬佛法，利益众生。北京市佛教界高僧大德齐聚雍和宫诵经，庆贺十一世班禅坐床。国务院宗教局及北京市有关领导出席庆贺活动。
雍和宫自1981年2月5日对外开放，努力加强自身建设，成为集宗教活动场所、博物馆、旅游景点功能为一体的藏传佛教寺院。雍和宫按藏传佛教仪轨，恢复了全部法事活动。
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